催化剂

DOI:10.18129 / B9.bioc.CATALYST

细胞仪数据分析工具

Bioconductor版本:Release (3.15)

大规模细胞术(CyTOF)使用重金属同位素而不是荧光标记作为报告者来标记抗体，从而大大减少了光谱重叠，并允许在单细胞水平上检查50多个参数。虽然CyTOF的光谱重叠明显不如流式细胞仪明显，但由于检测敏感性、同位素杂质和氧化物形成而产生的溢出效应会阻碍数据的可解释性。我们设计了CATALYST(流式细胞仪数据分析工具)，为流式细胞仪数据的预处理提供了一个管道，包括i)使用珠标准的归一化，ii)单细胞反褶积，以及iii)珠基补偿。

作者:Helena L. Crowell [aut, cre]， Vito R.T. Zanotelli [aut]， Stéphane Chevrier [aut, dtc]， Mark D. Robinson [aut, fnd]， Bernd Bodenmiller [fnd]

维护者:Helena L. Crowell < Helena。克罗威尔在uzh.ch>

安装

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如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

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文档

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超文本标记语言	R脚本	1.预处理
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版本	1.20.1
在Bioconductor	BioC 3.5 (R-3.4)(5年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于	R (>= 4.0)，SingleCellExperiment
进口	circlize,ComplexHeatmap,ConsensusClusterPlus,cowplot,data.table,dplyr,刚果民主共和国,flowCore,FlowSOM,ggplot2,ggrepel,ggridges，图形，grDevices，网格，gridExtra,magrittr,矩阵,matrixStats、方法、nnls,purrr,RColorBrewer,reshape2,Rtsne,SummarizedExperiment,S4Vectors,尺度,嘘,统计数据
链接
建议	BiocStyle,diffcyt,flowWorkspace,ggcyto,knitr,openCyto,rmarkdown,testthat,uwot
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/HelenaLC/CATALYST
BugReports	https://github.com/HelenaLC/CATALYST/issues
全靠我	cytofWorkflow
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建议我	diffcyt,imcRtools,treekoR
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包档案

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源包	CATALYST_1.20.1.tar.gz
Windows二进制
macOS 10.13 (High Sierra)	CATALYST_1.20.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/CATALYST
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/CATALYST
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/CATALYST/
软件包下载报告	下载数据
BioC 3.15的旧源包	源存档