篮球选手

DOI:10.18129 / B9.bioc.CAGEr

基因表达的分析笼(Cap分析)测序数据转录起始点的精确映射和promoterome挖掘

Bioconductor版本:版本(3.15)

笼测序数据的预处理,转录起始点的识别和正常化和下游转录起始点的分析集群(发起人)。

作者:Vanja Haberle (aut),查尔斯·普莱西(cre)一Baranasic[所有],Sarvesh Nikumbh(施)

维护人员:查尔斯·普莱西<查尔斯。普莱西在oist.jp >

安装

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细节

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版本	2.2.0
Bioconductor自	BioC 2.12 (r - 3.0)(9.5年)
许可证	GPL-3
取决于	方法,MultiAssayExperimentR (> = 4.1.0)
进口	BiocGenerics,BiocParallel,BSgenome,data.table,DelayedArray,DelayedMatrixStats,formula.tools,GenomeInfoDb,GenomicAlignments,GenomicRanges(> = 1.37.16),ggplot2(> = 2.2.0),gtools,IRanges(> = 2.18.0),KernSmooth,memoise,plyr,Rsamtools,reshape2,rtracklayer,S4Vectors(> = 0.27.5),耶鲁大学管理学院,stringdist,stringi,SummarizedExperiment跑龙套,素食主义者,VGAM
链接
建议	BSgenome.Drerio.UCSC.danRer7,DESeq2,FANTOM3and4CAGE,BiocStyle,knitr,rmarkdown
SystemRequirements
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取决于我
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建议我	seqPattern
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包档案

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源包	CAGEr_2.2.0.tar.gz
Windows二进制	CAGEr_2.2.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	CAGEr_2.2.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/CAGEr
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/篮球选手
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/CAGEr/
包下载报告	下载数据