bitseq
 |
 |
 |
 |
 |
 |
 |
doi：10.18129/b9.bioc.bitseq
RNA-seq数据的转录本表达推断和差异表达分析
生物导体版本：版本（3.15）
BITSEQ软件包是针对转录本表达分析和在两个阶段过程中对RNA-Seq数据的差异表达分析的目标。在第一阶段，它使用贝叶斯推理方法来从单个RNA-Seq实验中推断单个转录本的表达。BITSEQ的第二阶段包含转录本表达的差异表达分析。从多个条件的重复物中提供表达估计值，估计值的对数正态模型用于推断条件平均转录本表达式，并根据差分表达的可能性对转录本进行排名。
作者：Peter Glaus，Antti Honkela和Magnus Rattray
维护者：antti honkela
引用（从r内，输入引用（“ bitseq”））：
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：
if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）Biocmanager :: install（“ BitSeq”）
对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。
文档
要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：
browsevignettes（“ bitseq”）
| R脚本 | BITSEQ用户指南 | |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 消息 | |
| 文本 | 执照 |
细节
| 生物浏览 | bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 |
| 版本 | 1.40.0 |
| 在生物导体中 | Bioc 2.10（R-2.15）（10。5年） |
| 执照 | Artistic-2.0 +文件执照 |
| 要看 | rsamtools（> = 1.99.3） |
| 进口 | S4VECTORS，，，，iranges，方法，utils |
| 链接 | Rhtslib（> = 1.15.5） |
| 建议 | 生物使用 |
| 系统要求 | gnu做 |
| 增强 | |
| URL | |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包装档案
跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。
| 源包 | bitseq_1.40.0.tar.gz |
| Windows二进制 | BITSEQ_1.40.0.ZIP（仅64位） |
| MacOS 10.13（高山脉） | bitseq_1.40.0.tgz |
| 源存储库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/bitseq |
| 源存储库（开发人员访问） | git clone git@git.bioconductor.org：packages/bitseq |
| 包装短URL | //www.anjoumacpherson.com/packages/bitseq/ |
| 软件包下载报告 | 下载统计 |
