生物仪器

DOI：10.18129 / b9.bioc.biostrings.

高效操纵生物串

Bioconductor版本：释放（3.13）

记忆有效的字符串容器，字符串匹配算法和其他实用程序，用于快速操作大型生物学序列或序列组。

作者：H.Pagès，P.Aboyoun，R. Gentleman和S. Debroy

维护者：H.Pagès

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“4.1”）并输入：

if（！percennamespace（“biocmanager”，squilly = true））install.packages（“biocmanager”）biocmanager ::安装（“生物侦察”）

对于旧版本，请参阅相应的生物导体释放。

文件

要查看系统中安装此包版本的文档，请启动r并输入：

BROWSEVIGNETTES（“BIOSTRENERS”）

PDF.	r script.	在生物探测器2中定义的基本类的简短演示
PDF.		生物热带快速概述
PDF.	r script.	处理探测序列信息
PDF.	r script.	多次对齐
PDF.	r script.	成对序列对齐
PDF.		参考手册
文本		消息

细节

Biocviews.	bob 体育平台下载 那bob 体育平台下载 那bob 体育平台下载 那bob 体育平台下载 那bob 体育平台下载 那bob 体育平台下载 那bob 体育平台下载 那bob 体育平台下载
版本	2.60.0
在生物导体中以来	BIOC 1.6（R-2.1）或更早（> 16年）
执照	艺术-2.0
依靠	R（> = 4.0.0），方法，生物根系（> = 0.37.0），S4Vectors.（> = 0.27.12），绞喉（> = 2.23.9），xvector.（> = 0.29.2），Genomeinfodb.
进口	方法，Utils，Grdevices，图形，统计数据，蜡笔
链接到	S4Vectors.那绞喉那xvector.
建议	bsgenome.（> = 1.13.14），bsgenome.celegans.ucsc.CE2.（> = 1.3.11），bsgenome.dmelanogaster.ucsc.dm3.（> = 1.3.11），bsgenome.hsapiens.ucsc.hg18那果蝇那hgu95av2probe.那hgu133aprobe.那基因组法（> = 1.3.14），hgu95av2cdf.那敬服（> = 1.41.3），yefydata.（> = 1.11.5），运行
系统要求
加强	RMPI.
URL.	https://biocumon.org/packages/biostrings.
Bugreports.	https://github.com/bioconductor/biostrings/issues.
取决于我	altcdfenvs.那扩增人那Basic4cseq.那脑那bsgenome.那Chimeraviz.那ChipanAlyser.那Chipsim那切尔弗那法典那Crispseek.那解码那Deepsnv.那fdb.fantom4.promoters.hg19.那Generegionscan.那Generegulation.那基因管理那哥特那哈巴普那Helloranges.那HireadsProcessor.那IPAC.那JASPAR2014那烤肉串那Methtargetedngs.那Minfi.那modstrings.那motifdb.那MSA.那肌肉那雀巢链接那oligo.那orfhunter.那pd.ag.那pd.aragene.1.0.st.那pd.aragene.1.1.st.st.那pd.ath1.121501.那PD.Barley1.那pd.bovgene.1.0.st.st.那pd.bovgene.1.1.st.st.st.那Pd.bovine.那pd.bsubtilis.那pd.cangeene.1.0.st.st.那pd.cangeene.1.1.st.st.那Pd.Canine.那pd.canine.2那pd.celegans.那pd.chicken.那pd.chigene.1.0.st那pd.chigene.1.1.st.st.那pd.chogene.2.0.st.那pd.chogene.2.1.st那Pd.Citrus.那pd.clariom.d.human.那pd.clariom.s.human.那pd.clariom.s.human.ht.那pd.clariom.s.mouse.那pd.clariom.s.mouse.ht.那pd.clariom.s.rat.那pd.clariom.s.rat.ht.那PD.COTTON.那pd.cyngene.1.0.st.st.那pd.cyngene.1.1.st.st.那Pd.cygene.1.0.st.那Pd.cygene.1.1.st.st.那pd.cytogenetics.Array.那pd.drogene.1.0.st.st.那pd.drogene.1.1.st.st.那pd.drosgenome1.那pd.drosophila.2那pd.e.coli.2.那pd.ecoli.那pd.ecoli.asv2.那pd.elegene.1.0.st那pd.elegene.1.1.st.st.st.那pd.equgene.1.0.st.st.那pd.equgene.1.1.st.st.那pd.felgene.1.0.st.那pd.felgene.1.1.st.st.st.那Pd.fingene.1.0.st.st.那pd.fingene.1.1.1.st.st.那pd.genomewidesnp.5那pd.genomewidesnp.6.那pd.guigene.1.0.st.那pd.guigene.1.1.st.st.那pd.hc.g110那pd.hg.focus.那pd.hg.u133.plus.2那pd.hg.u133a.那pd.hg.u133a.2那pd.hg.u133a.tag.那pd.hg.u133b.那pd.hg.u219.那pd.hg.u95a.那pd.hg.u95av2.那pd.hg.u95b.那pd.hg.u95c.那pd.hg.u95d.那pd.hg.u95e.那pd.hg18.60mer.expr.那pd.ht.hg.u133.plus.pm.那pd.ht.hg.u133a.那pd.ht.mg.430A那pd.hta.2.0.那pd.hu6800.那pd.huex.1.0.st.v2.那pd.hugene.1.0.st.v1那pd.hugene.1.1.st.v1那pd.hugene.2.0.st.那pd.hugene.2.1.st.st.那pd.maize.那pd.mapping250k.nsp.nsp.那pd.mapping250k.sty.那pd.mapping50k.hind240那pd.mapping50k.xba240那pd.margene.1.0.st.st.那pd.margene.1.1.st.st.那Pd.Medgene.1.0.st.那Pd.Medgene.1.1.st.st.那Pd.Medicago.那pd.mg.u74a.那pd.mg.u74av2.那pd.mg.u74b.那pd.mg.u74bv2.那pd.mg.u74c.那pd.mg.u74cv2.那pd.mirna.1.0那pd.mirna.2.0那pd.mirna.3.0.那pd.mirna.4.0.那pd.moe430a那pd.moe430b.那pd.moex.1.0.st.v1那pd.mogene.1.0.st.v1那pd.mogene.1.1.st.v1那pd.mogene.2.0.st.那pd.mogene.2.1.st.st.那pd.mouse430.2那pd.mouse430a.2那pd.mta.1.0.那pd.mu11ksuba.那pd.mu11ksubb.那pd.nugo.hs1a520180.那pd.nugo.mm1a520177那pd.ovigene.1.0.st.st.那pd.ovigene.1.1.st.st.st.那pd.pae.g1a.那pd.plasmodium.anopheles.那pd.poplar.那pd.portcine.那pd.porgene.1.0.st.st.那Pd.porgene.1.1.st.st.那pd.rabgene.1.0.st那pd.rabgene.1.1.st.st.那pd.rae230a.那pd.rae230b.那pd.raex.1.0.st.v1那pd.ragene.1.0.st.v1那pd.ragene.1.1.st.v1那pd.ragene.2.0.st.那pd.ragene.2.1.st.st.那pd.rat230.2那pd.rcngene.1.0.st.st.那pd.rcngene.1.1.st.st.st.那pd.rg.u34a.那pd.rg.u34b.那pd.rg.u34c.那pd.rhegene.1.0.st.st.那pd.rhegene.1.1.st.st.那PD.RESUS那pd.rice.那pd.rjpgene.1.0.st.st.那pd.rjpgene.1.1.st.st.那pd.rn.u34.那pd.rta.1.0.那pd.rusgene.1.0.st.st.那pd.rusgene.1.1.st.st.那pd.s.aureus.那Pd.soybean.那Pd.soygene.1.0.st.st.那pd.soygene.1.1.st.st.那pd.sugar.cane.那pd.tomato.那pd.u133.x3p.那pd.vitis.vinifera.那pd.kwheat.那pd.x.laevis.2那pd.x.tropicalis.那pd.xenopus.laevis.那pd.yest.2.那pd.yg.s98那pd.zebgene.1.0.st.st.那pd.zebgene.1.1.st.st.st.那pd.czebrafish.那季节性ddna.那pqsfinder.那Pwmenrich.那QRQC那Qsutils.那r453plus1toolbox.那R4RNA那Redseq.那RGADEM.那riboprofiling那RRDP.那RSAMTOOLS.那rsvsim那sangeranalyser.那sangerseq.那scan.upc.那Selex.那SEQBIAS.那测序那缩短那Sictools.那辛染那ssviz.那structstrings.那Systempiper.那Topdownr.那树ummariedexperiment.那扭转那varcon.
进口我	倍数那等位基因矛纪那高寒那Anufinder.那annotationhubdata.那嗯那ArrayExpresshts.那评估员那Atacseqqc.那Bbcanalyzer.那bcrank.那BCSeq.那打那BGEECALL.那Biovizbase.那脑流量体面那Branchpointer.那bsgenome.那BSSeq.那BumHmm.那海滩那cellarepertorium.那Chippeakanno.那chipseqr.那Chipsim那Chromvar.那Circrnaprofiler.那Cleanupdtseq.那克那cnvfilter.那COMPETOOLS.那共识那cord那Crisprvariants.那Customprodb.那达达2那daglogo.那DAMEFINDER.那decomptumor2sig那Diffhic.那dnashaper.那多米诺骨牌效应那easyrnaseq.那edaseq.那Ensembldb.那Ensemblvep.那EPITXDB.那esatac.那eudysbiome.那eupathdb.那eventPointer.那exoMepeak2.那FASTQCLEANER.那FDB.INFINUIUM甲基化.HG18那Fdb.infiniummethylation.hg19.那findmyfriends.那Ga4ghclient.那GCAPC.那gcrma.那GenBankr.那Generegionscan.那Genestructuretools.那genogam.那基因组那基因管理那基因组分布措施那基因组法那基因组织那Genphen.那Genvisr.那GGBIO.那Girafe.那GMAPR.那Gmoviz那GUIDESEQ.那GVIZ.那Gwascat那H5VC那暖步那hicdcplus.那希尔达那hit那htseqgenie.那冰茶那IDPR.那我是男人那inpas.那兴趣那潮流器那离子那IPDDB.那IsoformSwitchAnalyzer.那凯格斯特那洛卡马那淋巴结曲那宏伟那Madseq.那Matrixrider.那MDTS.那冰雹那Medme.那模因子那meskit.那MetagenomeFeatures.那METASEQR2.那meth那甲基皮脂那甲基座那米娅那微生物针织品那微生物积分那microRNA.那mmdiff2.那MotifBreakr.那motifcounter.那motifmatchr.那Motifstack.那msnid.那MSSTATSPTM.那多射线那mungesumstats.那Musicatk.那mutationalpatterns.那NanostringNctools.那ngsreports.那核核酸那oligoclasses.那omadb.那OpenProper.那orfik.那otubase.那Packfinder.那pd.081229.hg18.promoter.medip.hx1.那pd.2006.07.18.hg18.refseq.promoter.那pd.2006.07.18.mm8.refseq.promoter.那pd.2006.10.31.rn34.refseq.promoter.那pd.atdschip.tiling.那pd.charm.hg18.example.那pd.feinberg.hg18.me.hx1.那pd.feinberg.mm8.me.hx1.那pd.mirna.3.1.那pdinfobuilder.那Phyloprofile.那phyloprofiledata.那文学那pipeframe.那Podkat.那聚酯纤维那妊娠期那验证那撤销那ProteomicsannotationHubData.那pur那PVIZ那QPlexAnalyzer.那QRQC那QSEA.那Quasr.那r3cseq.那Ramwas.那RCA.那RCPI.那补偿那林那Regutools.那重新那repitools.那rfarm.那RGADEM.那RibosomeProfiling QC那ramodr.那rnaprobr.那rnaseqr.那rqc.那rtracklayer.那吓人那抚慰那范围那得分invhap.那Skerpertoire.那颈背那SEQARRAY.那SEQCOMBO.那seqpattern.那seqplots.那SGSEQ.那签收那Sigspack.那singlemoleculefootprinting.那Sitadela.那斯文那Soggi.那Somaticsignatures.那Sparsesignatures.那碎片那SSCU.那StrafturalVariantAnnotation.那售货员那扳机那synextend.那synmut.那Tapseq.那tarseqqc.那TFBStools.那横向那特纳那TRNA.那trnadbimport.那Trnascanimport.那TVTB.那tximeta.那ularcirc那umi4cats.那uposencymotif那VariantAnnotation.那variantexperiment.那变型滤波器那Varianttools.那波兰人那xnastring.那耶稣
建议我	注释那annotationforge.那annotationhub.那Bambu.那匪徒那beadarrayusecases.那生物根系那Brgenomics.那Cindex.那CSAR.那Eisar.那exoMecopy.那基因组夫妇那Genomicranges.那Genoset.那Gwastools.那母服从那methrix.那弥撒那幻影那nucpos.那rnamodr.allanilineseq.那RPX.那勒那rtrm.那snplocs.hsapiens.dbsnp.20101109那snplocs.hsapiens.dbsnp.20120608.那snplocs.hsapiens.dbsnp141.grch38.那snplocs.hsapiens.dbsnp142.grch37.那snplocs.hsapiens.dbsnp144.grch37.那snplocs.hsapiens.dbsnp144.grch38.那snplocs.hsapiens.dbsnp149.grch38.那snplocs.hsapiens.dbsnp150.grch38.那snplocs.hsapiens.dbsnp151.grch38.那泼溅那systempipetools.那树木那xtrasnplocs.hsapiens.dbsnp144.grch37.那xtrasnplocs.hsapiens.dbsnp144.grch38.那xvector.
链接给我	解码那烤肉串那Matrixrider.那RSAMTOOLS.那缩短那扭转那VariantAnnotation.那变型滤波器
建立报告

包档案包

跟随bob 体育网址 在r会话中使用此包的说明。

源包	biostrings_2.60.0.tar.gz.
Windows二进制文件	biostrings_2.60.0.zip.
Macos 10.13（高塞拉）	biostrings_2.60.0.tgz.
源存储库	git clone https://git.biocumon.org/packages/biostrings.
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.biocondudard.org：包装/生物驱动器
包短网址	https://biocumon.org/packages/biostrings/
包裹下载报告	下载统计信息