Bionero

doi：10.18129/b9.bioc.bionero

生物网络重建综合

生物导体版本：版本（3.13）

Bionero旨在将生物网络推断的各个方面集成到单个软件包中，包括数据预处理，探索性分析，网络推断和生物学解释分析。Bionero可用于从基因表达数据中推断基因共表达网络（GCN）和基因调节网络（GRN）。此外，它可用于探索蛋白质 - 蛋白质相互作用（PPI）网络的拓扑特性。GCN推断依赖于流行的WGCNA算法。GRN推论基于“人群的智慧”原理，该原理包括用多种算法推断GRN（在此，CLR，Genie3和Aracne），并计算每个相互作用对的平均等级。由于此软件包中包括网络分析的所有步骤，Bionero使用户避免学习多个软件包的语法以及如何在它们之间进行通信。最后，用户还可以识别跨独立表达式集的共识模块，并计算不同网络之间的内部和间隙模块保存统计。

作者：Fabricio Almeida-Silva [Cre，Aut]，Thiago Venancio [aut]

维护者：fabricio almeida-silva

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.1”）并输入：

if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ bionero”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

Browsevignettes（“ Bionero”）

html	R脚本	基因共表达网络推断
html	R脚本	基因调节网络推断与bionero
html	R脚本	网络比较：共识模块和模块保存
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载
版本	1.0.0
在生物导体中	Bioc 3.13（R-4.1）（<6个月）
执照	GPL-3
要看	R（> = 4.1）
进口	WGCNA，，，，DynamiCtreCut，，，，矩阵，，，，deseq2，，，，SVA，，，，rcolorbrewer，，，，复杂的图像，，，，GGPLOT2，，，，RESHAPE2，，，，Igraph，，，，ggnetwork，，，，间图，，，，NetworkD3，，，，ggnewscale，，，，ggpubr，，，，Netrep，统计，grdevices，图形，utils，方法，生物比较，，，，模丝，，，，Genie3，，，，总结性特征
链接
建议	尼特，，，，rmarkDown，，，，测试（> = 3.0.0），生物使用
系统要求
增强
URL	https://github.com/almeidasilvaf/bionero
BugReports	https://github.com/almeidasilvaf/bionero/issues
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	bionero_1.0.0.0.tar.gz
Windows二进制	bionero_1.0.0.0.zip
MacOS 10.13（高山脉）	bionero_1.0.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/bionero
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/bionero
包装短URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/bionero/
软件包下载报告	下载统计