BiSeq

DOI:10.18129 / B9.bioc.BiSeq

亚硫酸氢盐测序数据的处理和分析

Bioconductor版本:发行版(3.13)

BiSeq包提供了有用的类和函数来处理和分析靶向亚硫酸氢盐测序(BS)数据，如还原表示亚硫酸氢盐测序(RRBS)数据。特别是，它实现了一种检测差异甲基化区域(DMRs)的算法。该包从一个或多个样本中获取已经对齐的BS数据。

作者:Katja Hebestreit, Hans-Ulrich Klein

维护者:Katja Hebestreit < Katja。Hebestreit在gmail.com>

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("BiSeq")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“BiSeq”)

PDF	R脚本	BiSeq简介
PDF		参考手册

细节

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版本	1.32.0
在Bioconductor	BioC 2.12 (R-3.0)(8年)
许可证	LGPL-3
取决于	R(>= 2.15.2)，方法，S4Vectors，IRanges(> = 1.17.24),GenomicRanges，SummarizedExperiment(> = 0.2.0),公式
进口	方法,BiocGenerics，Biobase，S4Vectors，IRanges，GenomeInfoDb，GenomicRanges，SummarizedExperiment，rtracklayer平行,betareg，lokern，公式，globaltest
链接
建议
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我	RRBSdata
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	BiSeq_1.32.0.tar.gz
Windows二进制	BiSeq_1.32.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	BiSeq_1.32.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/BiSeq
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/BiSeq
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/BiSeq/
软件包下载报告	下载数据