BgeeCall

DOI:10.18129 / B9.bioc.BgeeCall

自动RNA-Seq存在/缺失基因表达调用生成

Bioconductor版本:发行版(3.16)

BgeeCall允许生成存在/不存在的基因表达调用,而不使用像TPM<1这样的任意截止。调用是基于参考基因间序列生成的。这些序列是基于Bgee (https://bgee.org)中集成的每个物种的所有RNA-Seq库的表达而生成的。

作者:Julien Wollbrett [aut, cre], Sara Fonseca Costa [aut], Julien Roux [aut], Marc Robinson Rechavi [ctb], Frederic Bastian [aut]

维护者:Julien Wollbrett < Julien。Wollbrett在l。ch>

引文(从R内,输入引用(“BgeeCall”)):

安装

要安装这个包,启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“BgeeCall”)

超文本标记语言 R脚本 自动RNA-Seq存在/缺失基因表达调用生成
PDF 参考手册
文本 新闻
文本 许可证

细节

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版本 1.14.0
在Bioconductor BioC 3.11 (R-4.0)(2.5年)
许可证 GPL-3 +文件许可证
取决于 R (>= 3.6)
进口 GenomicFeaturestximportBiostringsrtracklayerbiomaRtjsonlite、方法、dplyrdata.tablesjmisc, grDevices,图形,统计,utils,rslurmrhdf5
链接
建议 knitrtestthatrmarkdownAnnotationHubhttr
SystemRequirements kallisto
增强了
URL https://github.com/BgeeDB/BgeeCall
BugReports https://github.com/BgeeDB/BgeeCall/issues
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 BgeeCall_1.14.0.tar.gz
Windows二进制 BgeeCall_1.14.0.zip
macOS二进制文件(x86_64) BgeeCall_1.14.0.tgz
macOS二进制文件(arm64) BgeeCall_1.14.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/BgeeCall
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/BgeeCall
生物包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/BgeeCall/
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/BgeeCall/
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