basic4cseq
 |
 |
 |
 |
 |
 |
 |
doi：10.18129/b9.bioc.basic4cseq
基本4CSEQ：用于分析4C-Seq数据的R/生物导体包
生物导体版本：版本（3.13）
Basic4CSEQ是一个R/Bioconductor软件包，用于基本过滤，分析和后续可视化4C-SEQ数据。可以为任何BSCHENOME软件包创建虚拟片段库，并包括读取和片段的过滤功能以及基本质量控制。实验角度附近的片段数据可以根据运行中值方法和多尺度的触点配置文件可视化为覆盖范围图。
作者：卡罗琳·沃尔特
维护者：carolin walter
引用（从r内，输入引用（“ basic4cseq”））：
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.1”）并输入：
if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ basic4cseq”）
对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。
文档
要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：
browsevignettes（“ basic4cseq”）
| R脚本 | 基本4CSEQ：用于分析4C-Seq数据的R/生物导体包 | |
| 参考手册 |
细节
| 生物浏览 | bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 |
| 版本 | 1.28.0 |
| 在生物导体中 | Bioc 2.14（R-3.1）（7年） |
| 执照 | LGPL-3 |
| 要看 | r（> = 3.4），生物弦，，，，基因组签名，，，，表情，，，，基因组机，grdevices，图形，统计，utils |
| 进口 | 方法，rcircos，，，，bsgenome.ecoli.ncbi.20080805 |
| 链接 | |
| 建议 | bsgenome.hsapiens.ucsc.hg19 |
| 系统要求 | |
| 增强 | |
| URL | |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包装档案
跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。
| 源包 | basic4cseq_1.28.0.tar.gz |
| Windows二进制 | basic4cseq_1.28.0.zip |
| MacOS 10.13（高山脉） | basic4cseq_1.28.0.tgz |
| 源存储库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/basic4cseq |
| 源存储库（开发人员访问） | git clone git@git.bioconductor.org：packages/basic4cseq |
| 包装短URL | //www.anjoumacpherson.com/packages/basic4cseq/ |
| 软件包下载报告 | 下载统计 |
