BaalChIP

DOI:10.18129 / B9.bioc.BaalChIP

BaalChIP:贝叶斯分析allele-specific在癌症基因组转录因子结合

Bioconductor版本:版本(3.13)

包提供函数来处理多个ChIP-seq BAM文件和检测allele-specific事件。在个人计算等位基因数变异(snp / SNVs),实现了广泛的质量控制步骤删除有问题的变异,并利用贝叶斯框架确定统计学意义等位基因——特定事件。BaalChIP能够占到两个等位基因拷贝数之间的差异,一个已知的癌症样本的表型特征。

作者:伊内斯·德·圣地亚哥,魏Liu柯原著,马丁·O ' reilly钱德拉SR Chilamakuri,布鲁斯·思考Kerstin Meyer Florian Markowetz

维修工:伊内斯·德·圣地亚哥< inesdesantiago gmail.com >

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如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“BaalChIP”)

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HTML	R脚本	分析ChIP-seq和FAIRE-seq BaalChIP包数据
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细节

biocViews	bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载
版本	1.18.0
Bioconductor自	BioC 3.4 (r - 3.3)(4.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 3.3.1),GenomicRanges,IRanges,Rsamtools
进口	GenomicAlignments,GenomeInfoDb,doParallel平行,杜比环绕声系统,reshape2,尺度,coda,foreach,ggplot2、方法、跑龙套、图形、统计数据
链接
建议	RUnit,BiocGenerics,knitr,rmarkdown,BiocStyle
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包档案

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源包	BaalChIP_1.18.0.tar.gz
Windows二进制	BaalChIP_1.18.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	BaalChIP_1.18.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/BaalChIP
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ BaalChIP
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/BaalChIP/
包下载报告	下载数据