BUSseq

DOI:10.18129 / B9.bioc.BUSseq

scRNA-seq数据的未知子类型批量效应校正

Bioconductor版本:发行版(3.16)

BUSseq R包符合一个可解释的贝叶斯层次模型——scRNA序列数据(BUSseq)的未知子类型的批效应校正——以纠正未知细胞类型存在的批效应。BUSseq能够同时纠正批效应、聚类细胞类型，并处理计数数据性质、过度分散、退出事件和scRNA-seq数据的特定细胞测序深度。在用BUSseq修正批效应后，修正后的值可以用于下游分析，就好像所有细胞都是在单个批中测序一样。BUSseq可以整合从不同scRNA-seq平台获得的读计数矩阵，并允许在一些批次(而不是所有批次)中测量细胞类型，只要实验设计满足我们手稿中列出的条件。

作者:宋方大[aut, cre]、陈佳明[aut]、魏莹莹[aut]

维护人员:宋方大

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“BUSseq”)

PDF	R脚本	BUScorrect_user_guide
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细节

biocViews	bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载
版本	1.4.2
在Bioconductor	bio3.14 (R-4.1)(1年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (>= 3.6)
进口	SingleCellExperiment，SummarizedExperiment，S4Vectors，gplots， grDevices，方法，统计，utils
链接
建议	BiocStyle，knitr，BiocGenerics
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/songfd2018/BUSseq
BugReports	https://github.com/songfd2018/BUSseq/issues
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进口我
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	BUSseq_1.4.2.tar.gz
Windows二进制	BUSseq_1.4.2.zip(64位)
macOS二进制文件(x86_64)	BUSseq_1.4.2.tgz
macOS二进制文件(arm64)	BUSseq_1.4.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/BUSseq
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/BUSseq
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/BUSseq/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/BUSseq/
软件包下载报告	下载数据
BioC 3.16的旧源包	源存档