Busparse

doi：10.18129/b9.bioc.busparse

卡利斯托|Bustools r实用程序

生物导体版本：版本（3.15）

卡利斯托|Bustools Pipeline是一种快速而模块化的工具集，可将FASTQ文件中的单个单元RNA-seq读取为基因计数或转录本兼容性计数（TCC）矩阵进行下游分析。该管道的中心是条形码，UMI和设置（总线）文件格式。该软件包可用于以下目的：首先，此软件包允许用户在R中操纵总线格式文件，然后将其转换为基因计数或TCC矩阵。此外，由于R和RCPP代码比纯C ++代码更易于处理，因此鼓励用户调整此软件包的源代码，以尝试使用总线格式的新用途以及将总线文件转换为基因计数矩阵的不同方法。其次，此软件包可以方便地生成所需的文件，以生成用于RNA速度的剪接和未填充的转录本的基因计数矩阵。这里可以过滤生物型，脚手架和单倍型可以去除，并可以将过滤后的转录组提取并写入磁盘。第三，该软件包实现了实用程序功能，以获取将总线文件转换为基因计数矩阵所需的成绩单和相关基因，以将成绩单写入Bustools所需的格式，并将Bustools的输出读取为R作为Sparses矩阵。

作者：Lambda Moses [AUT，CRE]，lior pachter [aut，ths]

维护者：lambda Moses

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：

if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）Biocmanager :: install（“ Busparse”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

Browsevignettes（“ Busparse”）

html	R脚本	将公交格式转换为稀疏矩阵
html	R脚本	转录到基因
PDF		参考手册
文本		消息
文本		执照

细节

生物浏览	bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载
版本	1.10.0
在生物导体中	Bioc 3.10（R-3.6）（2。5年）
执照	bsd_2_clause +文件执照
要看	R（> = 3.6）
进口	AnnotationDbi，，，，AnnotationFilter，，，，Biomart，，，，生物基因，，，，生物弦，，，，BSGENOME，，，，dplyr，，，，Ensembldb，，，，GenomeInfodB，，，，GenomicFeatures，，，，基因组机，，，，GGPLOT2，，，，iranges，，，，马格里特，，，，矩阵， 方法，plyranges，，，，RCPP，，，，S4VECTORS，统计Stringr，，，，蒂布尔，，，，花花公子，utils，Zeallot
链接	RCPP，，，，rcpparmadillo，，，，rcppprogress，，，，BH
建议	尼特，，，，rmarkDown，，，，测试，，，，生物使用，，，，tenxbusdata，，，，txdb.hsapiens.ucsc.hg38.nown，，，，bsgenome.hsapiens.ucsc.hg38，，，，ensdb.hsapiens.v86
系统要求	gnu做
增强
URL	https://github.com/bustools/busparse
BugReports	https://github.com/bustools/busparse/issues
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	busparse_1.10.0.tar.gz
Windows二进制	busparse_1.10.0.zip（仅64位）
MacOS 10.13（高山脉）	busparse_1.10.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/busparse
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：包装/busparse
包装短URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/busparse/
软件包下载报告	下载统计