bumhmm

doi：10.18129/b9.bioc.bumhmm

从结构探测实验数据计算修改概率计算概率的计算管道

生物导体版本：版本（3.15）

这是一种用于从结构探测实验中收集的数据计算的核苷酸后验概率的概率建模管道。该模型支持多个实验重复，并在经验上纠正覆盖范围和序列依赖性偏差。该模型利用了每个核苷酸的“下降速率”的度量，该核苷酸通过对数比（LDR）进行了比较。控制之间的LDR重复定义了与此分布相比，偶然观察到的掉落率的变异性分布和治疗和控制重复之间的LDR分布。在隐藏的马尔可夫模型中，将所得的经验p值（从空分布中绘制”的概率用作具有β-均匀混合模型的隐藏马尔可夫模型。所得的后验概率表明在结构探测实验中进行了修饰的核苷酸的概率。

作者：Alina Selega（alina.selega@gmail.com），桑德·格兰纳曼（Sander Granneman）

维护者：alina selega

安装

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if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）Biocmanager :: install（“ Bumhmm”）

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版本	1.20.0
在生物导体中	Bioc 3.5（R-3.4）（5年）
执照	GPL-3
要看	R（> = 3.5.0）
进口	DevTools，，，，Stringi，，，，gtools，统计，utils，总结性特征，，，，生物弦，，，，iranges
链接
建议	测试，，，，尼特，，，，生物使用
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源包	bumhmm_1.20.0.tar.gz
Windows二进制	bumhmm_1.20.0.zip
MacOS 10.13（高山脉）	bumhmm_1.20.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/bumhmm
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/bumhmm
包装短URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/bumhmm/
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