- 家
- Biocumon 3.13
- 软件包
- Brgenomics.
Brgenomics.
 |
 |
 |
 |
 |
 |
 |
DOI：10.18129 / b9.bioc.brgenomics.
高分辨率基因组学数据有效分析的工具
Bioconductor版本：释放（3.13）
该包提供了有用和高效的利用工具，用于使用标准的生物导体方法和类分析高分辨率基因组数据。BrGenomics具有丰富的功能，简化了许多后对齐处理步骤和数据处理。重点是对多个数据集的有效分析，支持归一化和黑名单。包含的功能是：尖峰标准化数据;生成基座分辨率Readcounts和覆盖数据（例如，用于热带）;导入和处理BAM文件（例如，转换为BigWig文件）;以置信区间生成Metaplots / Metaprofiles（自动映射平均轮廓）;方便地呼叫DESEQ2而不使用遗传分散的样本盲估计;在其他特征中。
作者：Mike Deberardine [Aut，CRE]
维护者：Mike Deberardine
引文（从R内，输入引文（“BrGenomics”））：
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“4.1”）并输入：
if（！percennamespace（“biocmanager”，squilly = true））install.packages（“biocmanager”）biocmanager ::安装（“brgenomics”）
对于旧版本，请参阅相应的生物导体释放。
文件
要查看系统中安装此包版本的文档，请启动r并输入：
BROWSEVIGNETTES（“BRGINOMICS”）
| HTML. | r script. | 分析多个数据集 |
| HTML. | r script. | DESEQ2与全球扰动 |
| HTML. | r script. | 入门 |
| HTML. | r script. | 导入和修改注释 |
| HTML. | r script. | 导入和处理数据 |
| HTML. | 概述 | |
| HTML. | r script. | 配置文件绘图和自动启动 |
| HTML. | r script. | 序列提取 |
| HTML. | r script. | 信号计数 |
| HTML. | r script. | 穗状态正常化 |
| PDF. | 参考手册 | |
| 文本 | 消息 |
细节
| Biocviews. | bob 体育平台下载 那bob 体育平台下载 那bob 体育平台下载 那bob 体育平台下载 那bob 体育平台下载 那bob 体育平台下载 那bob 体育平台下载 那bob 体育平台下载 那bob 体育平台下载 那bob 体育平台下载 那bob 体育平台下载 |
| 版本 | 1.4.0 |
| 在生物导体中以来 | BIOC 3.11（R-4.0）（1年） |
| 执照 | 艺术-2.0 |
| 依靠 | r（> = 4.0），rtracklayer.那Genomeinfodb.那S4Vectors. |
| 进口 | Genomicranges.， 平行，绞喉，统计，RSAMTOOLS.那基因管理那deseq2.那概括分析，utils，方法 |
| 链接到 | |
| 建议 | 生物焦那kn那RAMAMAMDOW.那testthat.那apeglm.那雷鬼那ggplot2.那重塑2.那生物仪器 |
| 系统要求 | |
| 加强 | |
| URL. | https://mdeber.github.io. |
| Bugreports. | https://github.com/mdeber/brenomics/issues. |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 链接给我 | |
| 建立报告 |
包档案包
跟随bob 体育网址 在r会话中使用此包的说明。
| 源包 | brgenomics_1.4.0.tar.gz. |
| Windows二进制文件 | brgenomics_1.4.0.zip. |
| Macos 10.13（高塞拉） | brgenomics_1.4.0.tgz. |
| 源存储库 | git clone https://git.biocumon.org/packages/brenomics. |
| 源存储库（开发人员访问） | git clone git@git.biocondudard.org：包装/ brgenomics |
| 包短网址 | https://biocumon.org/packages/brenomics/ |
| 包裹下载报告 | 下载统计信息 |
