Bioconductor版本:版本(3.17)
这个包提供了一种方法来改装和正确的拷贝数的二倍体地区配置文件。它使用一个聚类算法来识别pathology-specific正常(二倍体)染色体,然后使用他们的拷贝数信号改装整个配置文件。包是由三个函数:DRrefit(主要功能),ComputeNormalChromosome PlotCluster。
作者:安德里亚Poletti (aut),盖亚Mazzocchetti (aut (cre) Vincenza Solli (aut)
维护人员:盖亚Mazzocchetti <生物。在gmail.com seragnoli >
从内部引用(R,回车引用(“BOBaFIT”)
):
安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:
如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“BOBaFIT”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes (“BOBaFIT”)
HTML | R脚本 | BOBaFIT.Rmd |
HTML | R脚本 | 数据准备使用TCGA-BRCA database.Rmd |
参考手册 |
biocViews | bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 |
版本 | 1.4.0 |
Bioconductor自 | BioC 3.15 (r - 4.2)(1年) |
许可证 | GPL (> = 3) |
取决于 | R (> = 2.10) |
进口 | dplyr、NbClust ggplot2,ggbiotidyr grDevices,统计数据,GenomicRangesggforce stringr,plyranges、方法、跑龙套magrittr |
链接 | |
建议 | rmarkdown减价,BiocStyle、knitr testthat(> = 3.0.0),跑龙套,testthat |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | https://github.com/andrea-poletti-unibo/BOBaFIT |
BugReports | https://github.com/andrea-poletti-unibo/BOBaFIT/issues |
取决于我 | |
进口我 | |
建议我 | |
我的链接 | |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
源包 | BOBaFIT_1.4.0.tar.gz |
Windows二进制 | BOBaFIT_1.4.0.zip |
macOS二进制(x86_64) | BOBaFIT_1.4.0.tgz |
macOS二进制(arm64) | BOBaFIT_1.4.0.tgz |
源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/BOBaFIT |
源库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/ BOBaFIT |
Bioc包浏览器 | https://code.bioconductor.org/browse/BOBaFIT/ |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/BOBaFIT/ |
包下载报告 | 下载数据 |