BBCANALYZER

doi:10.18129/b9.bioc.bbcanalyzer

BBCANALYZER:用于可视化基数计数的R/bioconductor套件

生物导体版本:版本(3.13)

BBCANALYZER是一个包装,用于可视化与参考基础相比,在BAM文件中可用的序列对齐数据的相对或绝对数量,删除和插入定义位置的插入。相对碱频率的标记,数据中检测到的碱基的平均质量,已知突变或多态性和变体可能还包括在图中。

作者:莎拉·桑德曼

维护者:莎拉·桑德曼(Sarah Sandmann

引用(从r内,输入引用(“ BBCANALYZER”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“ 4.1”)并输入:

if(!sireseenamespace(“ biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ biocmanager”)biocmanager :: install(“ bbcanalyzer”)

对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:

Browsevignettes(“ BBCANALYZER”)

PDF R脚本 使用BBCANALYZER
PDF 参考手册
文本 消息

细节

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版本 1.22.0
在生物导体中 Bioc 3.2(R-3.2)(5。5年)
执照 LGPL-3
要看
进口 总结性特征,,,,变体,,,,rsamtools,grdevices,基因组机,,,,iranges,,,,生物弦
链接
建议 bsgenome.hsapiens.ucsc.hg19
系统要求
增强
URL
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包 BBCANALYZER_1.22.0.TAR.GZ
Windows二进制 BBCANALYZER_1.22.0.ZIP
MacOS 10.13(高山脉) BBCANALYZER_1.22.0.TGZ
源存储库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/bbcanalyzer
源存储库(开发人员访问) git clone git@git.bioconductor.org:packages/bbcanalyzer
包装短URL //www.anjoumacpherson.com/packages/bbcanalyzer/
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