基本

doi：10.18129/b9.bioc.basics

单细胞测序数据的贝叶斯分析

生物导体版本：版本（3.13）

单细胞mRNA测序可以在看似均匀的细胞种群中发现基因表达水平的新细胞对细胞异质性。但是，这些实验容易出现高水平的技术噪声，为鉴定在研究细胞种群中表现出真正异质表达的基因带来了新的挑战。基础知识（单细胞测序数据的贝叶斯分析）是一种集成的贝叶斯分层模型，可在有监督的实验的背景下对单细胞RNA测序数据集进行统计分析（其中感兴趣的细胞群是先验的，例如实验条件，例如实验条件。或单元格类型）。基础知识执行内置数据归一化（全局缩放）和技术噪声量化（基于尖峰基因）。基础知识提供了一组细胞内高度（或低）可变基因的直观检测标准。另外，基础可以比较两个或多个预先指定的细胞组之间的基因表达模式。与传统的差异表达工具不同，基础知识量化了超出平均值比较的表达变化，还可以研究细胞对细胞异质性的变化。可以通过生物学过度分散参数来量化后者，该参数在归一化和技术噪声去除后测量相对于泊松采样噪声的多变异性过剩。由于通常观察到SCRNA-Seq数据集的强烈平均/过度分散混淆，因此基础知识还测试了残留过度分散的变化，这是由残留值相对于全球平均/过度分散趋势的定义。

作者：Catalina Vallejos [aut]，Nils Eling [aut]，Alan O'Callaghan [AUT，CRE]，Sylvia Richardson [CTB]，John Marioni [CTB]

维护者：Alan O'Callaghan

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.1”）并输入：

if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“基础”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

Browsevignettes（“基础”）

html	R脚本	基础知识简介
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载
版本	2.4.0
在生物导体中	Bioc 3.6（R-3.4）（3.5岁）
执照	GPL（> = 2）
要看	r（> = 4.0），Singlecellexperiment
进口	生物酶，，，，生物基因，，，，结尾，，，，牛仔图，，，，ggextra，，，，GGPLOT2，图形，grdevices，大量的， 方法，RCPP（> = 0.11.3），S4VECTORS，，，，斯克兰，，，，砍伐，Stats，Stats4，总结性特征，，，，维里迪斯，utils，矩阵，，，，矩阵，，，，断言，，，，RESHAPE2，，，，生物比较，，，，Hexbin
链接	RCPP，，，，rcpparmadillo
建议	生物使用，，，，尼特，，，，rmarkDown，，，，测试，，，，魔术
系统要求	C ++ 11
增强
URL	https://github.com/catavallejos/basics
BugReports	https://github.com/catavallejos/basics/issues
取决于我
进口我
建议我	飞溅
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	BASICS_2.4.0.TAR.GZ
Windows二进制	基础_2.4.0.zip（32-和64位）
MacOS 10.13（高山脉）	基础_2.4.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/basics
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：包装/基础知识
包装短URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/basics/
软件包下载报告	下载统计