AnnotationHub

DOI:10.18129 / B9.bioc.AnnotationHub

客户端访问AnnotationHub资源

Bioconductor版本:发行版(3.12)

这个包为Bioconductor AnnotationHub web资源提供了一个客户端。AnnotationHub web资源提供了一个中心位置，可以发现基因组文件(例如，VCF，床，假发)和来自标准位置(例如，UCSC, Ensembl)的其他资源。资源包括关于每个资源的元数据，例如，文本描述、标签和修改日期。客户端创建并管理用户检索到的文件的本地缓存，有助于快速和可重复的访问。

作者:Bioconductor Package Maintainer [cre]， Martin Morgan [aut]， Marc Carlson [ctb]， Dan Tenenbaum [ctb]， Sonali Arora [ctb]， Valerie Oberchain [ctb]， Kayla Morrell [ctb]， Lori Shepherd [aut]

维护者:Bioconductor Package维护者< Maintainer at Bioconductor .org>

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“AnnotationHub”)

超文本标记语言	R脚本	注释枢纽:访问注释枢纽Web服务
超文本标记语言	R脚本	AnnotationHub: AnnotationHub HOW TO's
超文本标记语言		创建一个AnnotationHub包
超文本标记语言	R脚本	解决集线器故障
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载
版本	2.22.0
在Bioconductor	BioC 2.12 (R-3.0)(8年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	BiocGenerics(> = 0.15.10),BiocFileCache(> = 1.5.1)
进口	utils，方法，grDevices，RSQLite，BiocManager，BiocVersion，旋度，rappdirs，AnnotationDbi(> = 1.31.19),S4Vectors，interactiveDisplayBase，httr，yaml，dplyr
链接
建议	IRanges，GenomicRanges，GenomeInfoDb，VariantAnnotation，Rsamtools，rtracklayer，BiocStyle，knitr，AnnotationForge，rBiopaxParser，RUnit，GenomicFeatures，MSnbase，mzR，Biostrings，SummarizedExperiment，ExperimentHub，gdsfmt
SystemRequirements
增强了	AnnotationHubData
URL
BugReports	https://github.com/Bioconductor/AnnotationHub/issues
全靠我	adductomicsR，注释，AnnotationHubData，curatedMetagenomicData，EpiTxDb.Hs.hg38，EpiTxDb.Mm.mm10，EpiTxDb.Sc.sacCer3，EuPathDB，ExperimentHub，GenomicState，hipathia，ipdDb，MetaGxBreast，MetaGxOvarian，NestLink，org.Mxanthus.db，PANTHER.db，phastCons30way.UCSC.hg38，ProteomicsAnnotationHubData，测序，sesameData，鞑靼
进口我	adductData，alpineData，alternativeSplicingEvents.hg19，alternativeSplicingEvents.hg38，annotatr，biscuiteerData，celldex，chipseqDBData，circRNAprofiler，curatedTCGAData，customCMPdb，depmap，dmrseq，DropletTestFiles，ENCODExplorer，ENmix，FieldEffectCrc，GenomicScores，grasp2db，GSEABenchmarkeR，HCAData，HMP16SData，HMP2Data，mcsurvdata，metaboliteIDmapping，MetaGxPancreas，MSnID，PathwaySplice，psichomics，pwOmics，regutools，REMP，restfulSE，scmeth，scRNAseq，scTensor，SingleCellMultiModal，spatialLIBD，TCGAWorkflow，TENxBrainData，TENxBUSData，TENxPBMCData，TSRchitect，tximeta，Ularcirc
建议我	AHEnsDbs，BgeeCall，芝加哥，CINdex，clusterProfiler，CNVRanger，可可，DNAshapeR，dupRadar，ENCODExplorerData，ensembldb，epiNEM，EpiTxDb，epivizrChart，epivizrData，GenomicRanges，GOSemSim，gwascat，HarmonizedTCGAData，微波激射器，米拉，MSnbase，multicrispr，OrganismDbi，recountmethylation，VariantAnnotation
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	AnnotationHub_2.22.0.tar.gz
Windows二进制	AnnotationHub_2.22.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	AnnotationHub_2.22.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/AnnotationHub
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/AnnotationHub
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/AnnotationHub/
软件包下载报告	下载数据