AnnotationDbi

doi：10.18129/b9.bioc.annotationdbi

在生物导体中操纵基于SQLITE的注释

生物导体版本：版本（3.12）

实现用户友好的接口，以查询基于SQLite的注释数据包。

作者：HervéPagès，Marc Carlson，Seth Falcon，Nianhua Li

维护者：bioconductor.org>的生物导体套件维护器<维护器>

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.0”）并输入：

if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ AnnotationDbi”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

Browsevignettes（“ AnnotationDbi”）

PDF	R脚本	1.生物指导器注释包的简介
PDF	R脚本	2.（弃用）如何使用“ .db”注释软件包中的bimaps
PDF		参考手册
文本		消息
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细节

生物浏览	bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载
版本	1.52.0
在生物导体中	Bioc 2.1（R-2.6）（13。5年）
执照	艺术2.0
要看	r（> = 2.7.0），方法，utils，stats4，生物基因（> = 0.29.2），生物酶（> = 1.17.0），iranges
进口	DBI，，，，rsqlite，，，，S4VECTORS（> = 0.9.25）
链接
建议	HGU95AV2.DB，，，，go.db，，，，org.sc.sgd.db，，，，org.at.tair.db，，，，kegg.db，，，，运行，，，，txdb.hsapiens.ucsc.hg19，，，，hom.hs.inp.db，，，，org.hs.eg.db，，，，Reactome.db，，，，注释，，，，图形，，，，ensdb.hsapiens.v75，，，，生物使用，，，，尼特
系统要求
增强
URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/annotationdbi
BugReports	https://github.com/bioconductor/annotationdbi/issues
取决于我	Adme16cod.db，，，，ag.db，，，，Angprobe，，，，注释，，，，注释，，，，AnnotationFuncs，，，，Anopheles.db0，，，，拟南芥。db0，，，，阿斯普利，，，，ATH1121501.DB，，，，ATH1121501企业，，，，吸引，，，，大麦1probe，，，，Bovine.db，，，，Bovine.db0，，，，牛，，，，Bsubtilisprobe，，，，犬，，，，canine.db0，，，，canine2.db，，，，canine2probe，，，，犬种，，，，类别，，，，celegans.db，，，，Celegansprobe，，，，Chicken.db，，，，Chicken.db0，，，，鸡肉企业，，，，嵌合体，，，，黑猩猩DB0，，，，ChromheatMap，，，，柑橘类，，，，clariomdhumanprobeset.db，，，，clariomdhumantranscriptcluster.db，，，，clariomshumanhttranscriptcluster.db，，，，clariomshumantranscriptcluster.db，，，，clariomsmousehttranscriptcluster.db，，，，clariomsMousEtranscriptcluster.db，，，，clariomsrathttranscriptcluster.db，，，，clariomsrattranscriptcluster.db，，，，棉布，，，，CustomProdb，，，，装饰，，，，dexseq，，，，do.db，，，，drosgenome1.db，，，，drosgenome1probe，，，，果蝇2.DB，，，，果蝇2企业，，，，ecoli2.db，，，，ecoli2probe，，，，ecoliasv2 probe，，，，ecolik12.db0，，，，生态型，，，，ecolisakai.db0，，，，Egsea，，，，Eisa，，，，epitxdb，，，，ExpressionView，，，，fly.db0，，，，GenomicFeatures，，，，ggdata，，，，gghhumanmethcancerpanelv1.db，，，，go.db，，，，操功能，，，，goprofiles，，，，GSREG，，，，吉他，，，，H10KCOD.DB，，，，H20KCOD.DB，，，，HCG110.DB，，，，HCG110 Probe，，，，hgfocus.db，，，，hgfocusprobe，，，，HGU133A.DB，，，，HGU133A2.DB，，，，HGU133A2Probe，，，，HGU133PROBE，，，，HGU133ATAGPROBE，，，，HGU133B.DB，，，，HGU133BPROBE，，，，hgu133plus2.db，，，，HGU133PLUS2Probe，，，，HGU219.DB，，，，HGU219 Probe，，，，HGU95A.DB，，，，HGU95PROBE，，，，HGU95AV2.DB，，，，HGU95AV2Probe，，，，HGU95B.DB，，，，HGU95BPROBE，，，，HGU95C.DB，，，，HGU95CPROBE，，，，HGU95D.DB，，，，HGU95DPROBE，，，，hgu95e.db，，，，HGU95 EPROBE，，，，hguatlas13k.db，，，，hgubeta7.db，，，，hgudkfz31.db，，，，hgug4100a.db，，，，hgug4101a.db，，，，hgug4110b.db，，，，hgug4111a.db，，，，hgug4112a.db，，，，hgug4845a.db，，，，hguqiagenv3.db，，，，hi16cod.db，，，，hom.at.inp.db，，，，hom.ce.inp.db，，，，hom.dm.inp.db，，，，hom.dr.inp.db，，，，hom.hs.inp.db，，，，hom.mm.inp.db，，，，hom.rn.inp.db，，，，hom.sc.inp.db，，，，同性恋，，，，HS25KResogen.db，，，，HS6UG171.DB，，，，hsagilentdesign026652.db，，，，hta20probeset.db，，，，hta20transcriptcluster.db，，，，hthgu133a.db，，，，Hthgu133 aprobe，，，，hthgu133b.db，，，，hthgu133bprobe，，，，hthgu133pluspmprobe，，，，htmg430 aprobe，，，，htmg430bprobe，，，，HTMG430PMPROBE，，，，HTRAT230PMPROBE，，，，htratfocusprobe，，，，hu35kkuba.db，，，，Hu35Ksubaprobe，，，，hu35ksubb.db，，，，HU35KSUBBPROBE，，，，hu35ksubc.db，，，，HU35KSUBCPROBE，，，，hu35ksubd.db，，，，HU35KSUBDPROBE，，，，Hu6800.db，，，，HU6800企业，，，，huex10stprobeset.db，，，，huex10sttranscriptcluster.db，，，，HuexexonProbeSetLocation，，，，huexexonprobesetlocationhg18，，，，huexexonprobesetlocationhg19，，，，Hugene10stprobeset.db，，，，hugene10sttranscriptcluster.db，，，，Hugene10STV1 Probe，，，，hugene11stprobeset.db，，，，hugene11sttranscriptcluster.db，，，，Hugene20stprobeset.db，，，，Hugene20SttranscriptCluster.db，，，，Hugene21stprobeset.db，，，，hugene21sttranscriptcluster.db，，，，Human.DB0，，，，huo22.db，，，，hwgcod.db，，，，Illuminahumanmethylation27K.DB，，，，Illuminahumanmethylation450kprobe，，，，Illuminahumanv1.db，，，，Illuminahumanv2.db，，，，Illuminahumanv2beadid.db，，，，Illuminahumanv3.db，，，，Illuminahumanv4.db，，，，Illuminahumanwgdaslv3.db，，，，Illuminahumanwgdaslv4.db，，，，Illuminamousev1.db，，，，Illuminamousev1p1.db，，，，Illuminamousev2.db，，，，limuminaratv1.db，，，，indac.db，，，，IPDDB，，，，jazaerimetadata.db，，，，kegg.db，，，，lapointe.db，，，，Lumihumanall.db，，，，Lumhumanidmapping，，，，Lumimimoseall.db，，，，LumimouseIdMapping，，，，Lumiratall.db，，，，LumiratidMapping，，，，m10kcod.db，，，，m20kcod.db，，，，Maizeprobe，，，，疟疾.db0，，，，mapredictdsc，，，，医学探针，，，，MGFM，，，，mgu74a.db，，，，MGU74PAROBE，，，，mgu74av2.db，，，，mgu74av2probe，，，，mgu74b.db，，，，mgu74bprobe，，，，mgu74bv2.db，，，，MGU74BV2 Probe，，，，mgu74c.db，，，，mgu74cprobe，，，，mgu74cv2.db，，，，MGU74CV2 Probe，，，，mguatlas5k.db，，，，mgug4104a.db，，，，mgug4120a.db，，，，mgug4121a.db，，，，mgug4122a.db，，，，mi16cod.db，，，，mirbase.db，，，，mirna10probe，，，，mirnatap，，，，MLP，，，，mm24kresogen.db，，，，mmagilentdesign026655.db，，，，Moe430a.db，，，，MOE430 40，，，，MOE430B.DB，，，，Moe430bprobe，，，，moex10stprobeset.db，，，，moex10sttranscriptcluster.db，，，，MoexexonProbeSetLocation，，，，mogene10stprobeset.db，，，，mogene10sttranscriptcluster.db，，，，mogene10stv1 probe，，，，mogene11stprobeset.db，，，，mogene11sttranscriptcluster.db，，，，mogene20stprobeset.db，，，，mogene20sttranscriptcluster.db，，，，mogene21stprobeset.db，，，，mogene21sttranscriptcluster.db，，，，Mouse.DB0，，，，鼠标4302.DB，，，，Mouse4302 Probe，，，，鼠标430a2.db，，，，Mouse430a2 Probe，，，，mpedbarray.db，，，，mta10probeset.db，，，，mta10transcriptcluster.db，，，，mu11ksuba.db，，，，Mu11Ksubaprobe，，，，mu11ksubb.db，，，，mu11ksubbprobe，，，，mu15v1.db，，，，mu19ksuba.db，，，，mu19ksubb.db，，，，mu19ksubc.db，，，，mu22v3.db，，，，mus.musculus，，，，mwgcod.db，，，，挪威981.db，，，，Nugohs1a520180.db，，，，NUGOHS1A520180POROBE，，，，nugomm1a520177.db，，，，Nugomm1A520177企业，，，，Operonhumanv3.db，，，，org.ag.eg.db，，，，org.at.tair.db，，，，org.bt.eg.db，，，，org.ce.eg.db，，，，org.cf.eg.db，，，，org.dm.eg.db，，，，org.dr.eg.db，，，，org.eck12.eg.db，，，，org.ecsakai.eg.db，，，，org.gg.eg.db，，，，org.hs.eg.db，，，，org.mm.eg.db，，，，org.mmu.eg.db，，，，org.mxanthus.db，，，，org.pf.plasmo.db，，，，org.pt.eg.db，，，，org.rn.eg.db，，，，org.sc.sgd.db，，，，org.ss.eg.db，，，，org.xl.eg.db，，，，有机体，，，，paeg1aprobe，，，，panther.db，，，，PartheenMetadata.db，，，，Pathrender，，，，PEDBARRAYV10.DB，，，，PEDBARRAYV9.DB，，，，pfam.db，，，，PGSEA，，，，pig.db0，，，，疟原虫plobe，，，，pocrcannotation.db，，，，poplarprobe，，，，猪，，，，猪probe，，，，PrimeViewProbe，，，，probamr，，，，r10kcod.db，，，，rae230a.db，，，，Rae230 aprobe，，，，rae230b.db，，，，RAE230BPROBE，，，，RAEX10STPROBESET.DB，，，，raex10sttranscriptcluster.db，，，，RAEXEXONPROBESETLOCATION，，，，ragene10stprobeset.db，，，，ragene10sttranscriptcluster.db，，，，Ragene10STV1 Probe，，，，ragene11stprobeset.db，，，，ragene11sttranscriptcluster.db，，，，ragene20stprobeset.db，，，，ragene20sttranscriptcluster.db，，，，ragene21stprobeset.db，，，，ragene21sttranscriptcluster.db，，，，rat.db0，，，，RAT2302.DB，，，，RAT2302 Probe，，，，Rattoxfxprobe，，，，rattus.norvegicus，，，，Reactome.db，，，，rgu34a.db，，，，RGU34PROBE，，，，rgu34b.db，，，，RGU34BPROBE，，，，rgu34c.db，，，，RGU34CPROBE，，，，rguatlas4k.db，，，，RGUG4105A.DB，，，，rgug4130a.db，，，，RGUG4131A.DB，，，，Rhesus.db0，，，，Rhesusprobe，，，，ri16cod.db，，，，水稻特色，，，，rnagilentdesign028282.db，，，，rnaseqgene，，，，rnu34.db，，，，RNU34Probe，，，，Roberts2005 Annotation.db，，，，rpsixml，，，，rta10probeset.db，，，，rta10transcriptcluster.db，，，，rtu34.db，，，，RTU34Probe，，，，rwgcod.db，，，，安全的，，，，Saureusprobe，，，，精灵，，，，shdz.db，，，，大豆店，，，，糖caneprobe，，，，targetscan.hs.eg.db，，，，targetscan.mm.eg.db，，，，test3probe，，，，tineath1probe，，，，小探针，，，，topgo，，，，U133x3p.db，，，，U133x3pprobe，，，，Vitisviniferaprobe，，，，小麦企业，，，，worm.db0，，，，Xenopus.db0，，，，Xenopuslaevisprobe，，，，xlaevis.db，，，，XLAEVIS2Probe，，，，Xtropicalisprobe，，，，酵母。DB0，，，，酵母2.DB，，，，酵母菌2企业，，，，YGS98.DB，，，，YGS98Probe，，，，Zebrafish.db，，，，Zebrafish.db0，，，，斑马鱼
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-Methylation.hg18，，，，FDB.Infinium -Methylation.hg19，，，，fdb.ucsc.snp135common.hg19，，，，fdb.ucsc.snp137common.hg19，，，，fdb.ucsc.trnas，，，，fly.db0，，，，弗雷泽，，，，ga4ghshiny，，，，量规，，，，Gapgom，，，，GeneFilter，，，，Geneplotter，，，，遗传，，，，Genextender，，，，基因组态，，，，Genvisr，，，，GGBASE，，，，GGBIO，，，，gghhumanmethcancerpanelv1.db，，，，ggtools，，，，Globalancova，，，，全球测试，，，，GMICR，，，，go.db，，，，Gofuncr，，，，操功能，，，，Gopro，，，，Gosemsim，，，，Goseq，，，，戈西姆，，，，gostag，，，，gostats，，，，Gotools，，，，GP53CDF，，，，GPART，，，，gqtlstats，，，，石墨，，，，gseabase，，，，GSEABENCHMARKER，，，，GVIZ，，，，Gwascat，，，，H10KCOD.DB，，，，H20KCOD.DB，，，，HCG110.DB，，，，HCG110CDF，，，，hgfocus.db，，，，HGFOCUSCDF，，，，HGU133A.DB，，，，HGU133A2.DB，，，，HGU133A2CDF，，，，HGU133ACDF，，，，HGU133ATAGCDF，，，，HGU133B.DB，，，，HGU133BCDF，，，，hgu133plus2.db，，，，HGU133PLUS2CDF，，，，HGU219.DB，，，，HGU219CDF，，，，HGU95A.DB，，，，HGU95ACDF，，，，HGU95AV2.DB，，，，HGU95AV2CDF，，，，HGU95B.DB，，，，HGU95BCDF，，，，HGU95C.DB，，，，HGU95CCDF，，，，HGU95D.DB，，，，HGU95DCDF，，，，hgu95e.db，，，，HGU95ECDF，，，，hguatlas13k.db，，，，hgubeta7.db，，，，hgudkfz31.db，，，，hgug4100a.db，，，，hgug4101a.db，，，，hgug4110b.db，，，，hgug4111a.db，，，，hgug4112a.db，，，，hgug4845a.db，，，，hguqiagenv3.db，，，，hi16cod.db，，，，HIVPRTPLUS2CDF，，，，hom.at.inp.db，，，，hom.ce.inp.db，，，，hom.dm.inp.db，，，，hom.dr.inp.db，，，，hom.hs.inp.db，，，，hom.mm.inp.db，，，，hom.rn.inp.db，，，，hom.sc.inp.db，，，，同性恋，，，，HS25KResogen.db，，，，HS6UG171.DB，，，，hsagilentdesign026652.db，，，，Hspec，，，，hspeccdf，，，，hta20probeset.db，，，，hta20transcriptcluster.db，，，，hthgu133a.db，，，，hthgu133acdf，，，，hthgu133b.db，，，，HTHGU133BCDF，，，，hthgu133pluspmcdf，，，，HTMG430ACDF，，，，HTMG430BCDF，，，，HTMG430PMCDF，，，，HTRAT230PMCDF，，，，htratfocuscdf，，，，hu35kkuba.db，，，，HU35KSUBACDF，，，，hu35ksubb.db，，，，HU35KSUBBCDF，，，，hu35ksubc.db，，，，HU35KSUBCCDF，，，，hu35ksubd.db，，，，HU35KSUBDCDF，，，，Hu6800.db，，，，HU6800CDF，，，，HU6800SUBACDF，，，，HU6800SUBBCDF，，，，HU6800SUBCCDF，，，，Hu6800subdcdf，，，，huex10stprobeset.db，，，，huex10sttranscriptcluster.db，，，，Hugene10stprobeset.db，，，，hugene10sttranscriptcluster.db，，，，Hugene10STV1CDF，，，，hugene11stprobeset.db，，，，hugene11sttranscriptcluster.db，，，，Hugene20stprobeset.db，，，，Hugene20SttranscriptCluster.db，，，，Hugene21stprobeset.db，，，，hugene21sttranscriptcluster.db，，，，Human.DB0，，，，huo22.db，，，，hwgcod.db，，，，理想的，，，，Illuminahumanmethylation27K.DB，，，，Illuminahumanv1.db，，，，Illuminahumanv2.db，，，，Illuminahumanv2beadid.db，，，，Illuminahumanv3.db，，，，Illuminahumanv4.db，，，，Illuminahumanwgdaslv3.db，，，，Illuminahumanwgdaslv4.db，，，，Illuminamousev1.db，，，，Illuminamousev1p1.db，，，，Illuminamousev2.db，，，，limuminaratv1.db，，，，IMAS，，，，indac.db，，，，inpas，，，，InteractiveSplay，，，，Isomirs，，，，IVAS，，，，jazaerimetadata.db，，，，核粒子，，，，kegg.db，，，，kegglincs，，，，Keggorthology，，，，keggprofile，，，，lapointe.db，，，，lrbasedbi，，，，Lumi，，，，Lumihumanall.db，，，，Lumhumanidmapping，，，，Lumimimoseall.db，，，，LumimouseIdMapping，，，，Lumiratall.db，，，，LumiratidMapping，，，，m10kcod.db，，，，m20kcod.db，，，，maizecdf，，，，疟疾.db0，，，，MAPKL，，，，McBiclust，，，，MDGSA，，，，Medicagocdf，，，，Meshdbi，，，，网眼，，，，代谢信号，，，，甲基分析，，，，甲基，，，，甲基菌，，，，mgu74a.db，，，，MGU74ACDF，，，，mgu74av2.db，，，，MGU74AV2CDF，，，，mgu74b.db，，，，MGU74BCDF，，，，mgu74bv2.db，，，，MGU74BV2CDF，，，，mgu74c.db，，，，MGU74CCDF，，，，mgu74cv2.db，，，，MGU74CV2CDF，，，，mguatlas5k.db，，，，mgug4104a.db，，，，mgug4120a.db，，，，mgug4121a.db，，，，mgug4122a.db，，，，mi16cod.db，，，，Migsa，，，，米尼卡，，，，幻影，，，，mirbase.db，，，，mirbaseversions.db，，，，mirointegrator，，，，miRNA102XGAINCDF，，，，miRNA10CDF，，，，miRNA20CDF，，，，mirnameconconverter，，，，mirnatap.db，，，，甲基小姐，，，，mm24kresogen.db，，，，mmagilentdesign026655.db，，，，Moe430a.db，，，，MOE430ACDF，，，，MOE430B.DB，，，，MOE430BCDF，，，，moex10stprobeset.db，，，，moex10sttranscriptcluster.db，，，，mogene10stprobeset.db，，，，mogene10sttranscriptcluster.db，，，，mogene10stv1cdf，，，，mogene11stprobeset.db，，，，mogene11sttranscriptcluster.db，，，，mogene20stprobeset.db，，，，mogene20sttranscriptcluster.db，，，，mogene21stprobeset.db，，，，mogene21sttranscriptcluster.db，，，，Mouse.DB0，，，，鼠标4302.DB，，，，鼠标4302CDF，，，，鼠标430a2.db，，，，鼠标430A2CDF，，，，mpedbarray.db，，，，MSEADBI，，，，MSNID，，，，mta10probeset.db，，，，mta10transcriptcluster.db，，，，mu11ksuba.db，，，，MU11KSUBACDF，，，，mu11ksubb.db，，，，MU11KSUBBCDF，，，，mu15v1.db，，，，mu19ksuba.db，，，，MU19KSUBACDF，，，，mu19ksubb.db，，，，MU19KSUBBCDF，，，，mu19ksubc.db，，，，MU19KSUBCCDF，，，，mu22v3.db，，，，MU6500SUBACDF，，，，MU6500SUBBCDF，，，，MU6500SUBCCDF，，，，MU6500SUBDCDF，，，，多人，，，，多米，，，，mus.musculus，，，，mwgcod.db，，，，纳米塞维兹，，，，NanostringQccpro，，，，纳米，，，，诺斯，，，，挪威981.db，，，，Nugohs1a520180.db，，，，NUGOHS1A520180CDF，，，，nugomm1a520177.db，，，，NUGOMM1A520177CDF，，，，Onassis，，，，Ontoproc，，，，Operonhumanv3.db，，，，ORFIK，，，，org.ag.eg.db，，，，org.at.tair.db，，，，org.bt.eg.db，，，，org.ce.eg.db，，，，org.cf.eg.db，，，，org.dm.eg.db，，，，org.dr.eg.db，，，，org.eck12.eg.db，，，，org.ecsakai.eg.db，，，，org.gg.eg.db，，，，org.hs.eg.db，，，，org.mm.eg.db，，，，org.mmu.eg.db，，，，org.pf.plasmo.db，，，，org.pt.eg.db，，，，org.rn.eg.db，，，，org.sc.sgd.db，，，，org.ss.eg.db，，，，org.xl.eg.db，，，，有机体，，，，padog，，，，paeg1acdf，，，，PartheenMetadata.db，，，，PathView，，，，途径图，，，，PCAEXPLORER，，，，PCPHENO，，，，PEDBARRAYV10.DB，，，，PEDBARRAYV9.DB，，，，pfam.db，，，，PGA，，，，phantasus，，，，表，，，，pig.db0，，，，疟原虫，，，，pocrcannotation.db，，，，polyphen.hsapiens.dbsnp131，，，，poplarcdf，，，，猪，，，，Porcinecdf，，，，ppidata，，，，PrimeViewCDF，，，，proactiv，，，，psichomics，，，，杂种，，，，qpgraph，，，，准，，，，r10kcod.db，，，，rae230a.db，，，，RAE230ACDF，，，，rae230b.db，，，，RAE230BCDF，，，，RAEX10STPROBESET.DB，，，，raex10sttranscriptcluster.db，，，，ragene10stprobeset.db，，，，ragene10sttranscriptcluster.db，，，，ragene10stv1cdf，，，，ragene11stprobeset.db，，，，ragene11sttranscriptcluster.db，，，，ragene20stprobeset.db，，，，ragene20sttranscriptcluster.db，，，，ragene21stprobeset.db，，，，ragene21sttranscriptcluster.db，，，，rat.db0，，，，RAT2302.DB，，，，RAT2302CDF，，，，rattoxfxcdf，，，，rattus.norvegicus，，，，RCGH，，，，Reactome.db，，，，Reactomepa，，，，redseq，，，，Regutools，，，，报告工具，，，，安息，，，，RGSEPD，，，，rgu34a.db，，，，RGU34ACDF，，，，rgu34b.db，，，，RGU34BCDF，，，，rgu34c.db，，，，RGU34CCDF，，，，rguatlas4k.db，，，，RGUG4105A.DB，，，，rgug4130a.db，，，，RGUG4131A.DB，，，，Rhesus.db0，，，，Rhesuscdf，，，，ri16cod.db，，，，RibosomeProfilingQC，，，，ricecdf，，，，rmir​​.hs.mirna，，，，rmir​​.hsa，，，，rnaagecalc，，，，rnagilentdesign028282.db，，，，rnu34.db，，，，RNU34CDF，，，，Roberts2005 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