atacseqqc

doi：10.18129/b9.bioc.atacseqqc

ATAC-SEQ质量控制

生物导体版本：版本（3.15）

ATAC-SEQ是一种使用测序的转座酶可访问染色质的测定，是一种快速且灵敏的方法，用于染色质访问性分析。它是作为mnase-seq，faire-seq和dnase-seq的替代方法开发的。与其他方法相比，ATAC-SEQ需要更少的生物样品和处理时间。在分析实验室中生产的几个ATAC-SEQ数据集的过程中，我们了解了ATAC-SEQ数据质量评估的一些独特方面，以帮助用户快速评估他们的ATAC-SEQ实验是否成功，我们开发了ATACSEQQCC。遵循自然方法2013年发表的指南（Greenleaf等人）的一部分包装，包括碎片尺寸分布的诊断图，线粒体读取的比例，核小体定位模式以及CTCF或其他转录因子足迹。

作者：Jianhong OU，Haibo Liu，Feng Yan，Jun Yu，Michelle Kelliher，Lucio Castilla，Nathan Lawson，Lihua Julie julie Zhu

维护者：jianhong ou

安装

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if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）Biocmanager :: install（“ atacseqqc”）

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文档

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html	R脚本	atacseqqc插图
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文本		消息

细节

生物浏览	bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载
版本	1.20.2
在生物导体中	Bioc 3.5（R-3.4）（5年）
执照	GPL（> = 2）
要看	r（> = 3.5.0），生物基因，，，，S4VECTORS
进口	BSGENOME，，，，生物弦，，，，Chippeakanno，，，，iranges，，，，基因组机，，，，基因组签名，，，，GenomeInfodB，，，，GenomicsCores，图形，网格，林玛，，，，rsamtools（> = 1.31.2），Randomforest，，，，rtracklayer，统计Motifstack，，，，PRESEQR，utils，克恩斯门茶，，，，EDGER
链接
建议	生物使用，，，，尼特，，，，bsgenome.hsapiens.ucsc.hg19，，，，txdb.hsapiens.ucsc.hg19，，，，phastcons100way.ucsc.hg19，，，，主题，，，，TrackViewer，，，，测试，，，，rmarkDown
系统要求
增强
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进口我	NADFINDER
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

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源包	atacseqqc_1.20.2.2.tar.gz
Windows二进制	atacseqqc_1.20.2.2.zip
MacOS 10.13（高山脉）	atacseqqc_1.20.2.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/atacseqqc
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/atacseqcc
包装短URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/atacseqqc/
软件包下载报告	下载统计
Bioc 3.15的旧源软件包	来源存档