ATACCoGAPS

DOI:10.18129 / B9.bioc.ATACCoGAPS

分析工具与CoGAPS scATACseq数据

Bioconductor版本:版本(3.16)

提供的工具运行CoGAPS算法(多数时候等,2010)的单细胞ATAC测序数据和分析结果。可以用来执行分析的基因,图案,TFs或途径。另外提供了学习和数据传输工具与RNA单细胞测序数据的集成。

作者:Rossin Erbe (aut (cre)

维护人员:Rossin Erbe < rerbe1 jhmi.edu >

安装

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如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“ATACCoGAPS”)

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HTML	R脚本	ATACCoGAPS
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细节

biocViews	bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载
版本	1.0.0
Bioconductor自	BioC 3.16 (r - 4.2)(< 6个月)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 4.2.0),CoGAPS(> = 3.5.13)
进口	gtools,GenomicRanges,projectR,TFBSTools,GeneOverlap,msigdbr,tidyverse,gplots,motifmatchr,chromVAR,GenomicFeatures,IRanges,fgsea,rGREAT,JASPAR2016,Homo.sapiens,Mus.musculus,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19,BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm10,stringr,dplyr
链接
建议	knitr,冬青
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports	https://github.com/FertigLab/ATACCoGAPS/issues
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包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	ATACCoGAPS_1.0.0.tar.gz
Windows二进制	ATACCoGAPS_1.0.0.zip
macOS二进制(x86_64)
macOS二进制(arm64)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ATACCoGAPS
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ ATACCoGAPS
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/ATACCoGAPS/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/ATACCoGAPS/
包下载报告	下载数据