ASURAT

DOI:10.18129 / B9.bioc.ASURAT

为单细胞数据功能注解驱动的无监督聚类

Bioconductor版本:版本(3.16)

ASURAT是单细胞的软件数据分析。使用ASURAT,一个可以同时执行无监督聚类和生物解释细胞类型、疾病、生物过程和信号通路活动。输入一个单细胞RNA-seq数据和知识数据库,如细胞本体,基因本体,KEGG,等等,ASURAT基因表达表转换成原始多元表,称为sign-by-sample矩阵(ssm)。

作者:凯塔Iida (aut (cre),Johannes Nicolaus Wibisana(施)

维护人员:凯塔Iida < kiida在protein.osaka-u.ac.jp >

从内部引用(R,回车引用(“ASURAT”)):

安装

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如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“ASURAT”)

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细节

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版本 1.2.0
Bioconductor自 BioC 3.15 (r - 4.2)(0.5年)
许可证 GPL-3 +文件许可证
取决于 R (> = 4.0.0)
进口 SingleCellExperiment,SummarizedExperiment,S4Vectors,Rcpp(> = 1.0.7),集群跑龙套,plot3D,ComplexHeatmap,circlize、网格、grDevices图形
链接 Rcpp
建议 ggplot2,TENxPBMCData,dplyr,Rtsne,修拉,AnnotationDbi,BiocGenerics,stringr,org.Hs.eg.db,knitr,rmarkdown,testthat(> = 3.0.0)
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包档案

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源包 ASURAT_1.2.0.tar.gz
Windows二进制 ASURAT_1.2.0.zip(64位)
macOS二进制(x86_64) ASURAT_1.2.0.tgz
macOS二进制(arm64) ASURAT_1.2.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ASURAT
源库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/ ASURAT
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/ASURAT/
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