阿尔卑斯山脉

DOI:10.18129 / B9.bioc.ALPS

分析表观基因组学数据的例程

Bioconductor版本:版本(3.13)

包提供了分析和出版质量可视化组蛋白的化学修饰等全基因组表观基因组学数据的例程或转录因子ChIP-seq ATAC-seq DNase-seq等功能在包可以用于任何类型的数据,可以用要员表示文件在任何决议。阿尔卑斯山的目标是提供分析工具对于大多数下游分析不离开R环境和大多数工具在包需要一个最小的输入,可以用基本的R, unix或excel的技能。

作者:举止文雅Thatikonda,娜塔莉贼鸥

维护人员:举止文雅Thatikonda < thatikonda92 gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“阿尔卑斯山”)

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文档

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browseVignettes(“阿尔卑斯山”)

HTML	R脚本	ALPS-vignette
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细节

biocViews	bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载
版本	1.5.0
Bioconductor自	BioC 3.10 (r - 3.6)(1.5年)
许可证	麻省理工学院+文件许可证
取决于	R (> = 3.6)
进口	为了,BiocParallel,ChIPseeker,corrplot,data.table,dplyr,GenomicRanges,GGally,genefilter,gghalves,ggplot2,ggseqlogo,Gviz,magrittr,org.Hs.eg.db,plyr,reshape2,rtracklayer统计数据,stringr,宠物猫,tidyr,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene,跑龙套
链接
建议	knitr,rmarkdown,ComplexHeatmap,circlize,testthat
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/itsvenu/ALPS
BugReports	https://github.com/itsvenu/ALPS/issues
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包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	ALPS_1.5.0.tar.gz
Windows二进制	ALPS_1.5.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	ALPS_1.5.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ALPS
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/阿尔卑斯山
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/ALPS/
包下载报告	下载数据