ALDEX2

doi：10.18129/b9.bioc.aldex2

考虑样品变化的差异丰度分析

生物导体版本：版本（3.15）

比较两个或多个条件的差异丰度分析。有助于分析来自标准RNA-SEQ或META-RNA-SEQ分析的数据，以及从体外序列选择中选择的和未选择的值。使用Dirichlet-Multinomial模型从计数中推断出丰度，对三个或更多实验重复进行了优化。该方法侵入生物学和采样变化以根据Wilcoxon秩和测试和Welch的t检验（通过Aldex.ttest）（通过Aldex.kw）（通过Aldex.kw），计算出预期的错误发现率（通过Aldex.ttest），通过Aldex.ttest（通过Aldex.ttest）计算预期的错误发现率（通过Aldex.kw）广义线性模型（通过ALDEX.GLM）或相关测试（通过Aldex.corr）。所有测试报告p值和本杰米尼·霍赫伯格（Benjamini-Hochberg）校正了p值。ALDEX2还计算了成对或未配对的研究设计的预期标准效应大小。

作者：格雷格·格洛尔（Greg Gloor），安德鲁·费尔南德斯（Andrew Fernandes），让·麦克劳姆（Jean Macklaim

维护者：greg gloor ggloor

安装

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文档

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html	R脚本	高通量测序数据的方差分析样差分表达工具
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细节

生物浏览	bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载
版本	1.28.1
在生物导体中	Bioc 3.0（R-3.1）（7。5年）
执照	文件执照
要看	方法，统计，zcompositions
进口	rfast，，，，生物比较，，，，基因组机，，，，iranges，，，，S4VECTORS，，，，总结性特征，，，，多检验
链接
建议	测试，，，，生物使用，，，，尼特，，，，rmarkDown
系统要求
增强
URL	https://github.com/ggloor/aldex_bioc
BugReports	https://github.com/ggloor/aldex_bioc/issues
取决于我	Omicplotr
进口我	板凳，，，，微生物膜标志物
建议我	propr
链接到我
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包装档案

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源包	aldex2_1.28.1.tar.gz
Windows二进制	aldex2_1.28.1.zip
MacOS 10.13（高山脉）	aldex2_1.28.1.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/aldex2
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/aldex2
包装短URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/aldex2/
软件包下载报告	下载统计
Bioc 3.15的旧源软件包	来源存档