ADaCGH2

DOI:10.18129 / B9.bioc.ADaCGH2

大数据分析从aCGH实验中使用并行计算和ff对象

Bioconductor版本:版本(3.16)

全息阵列数据的分析和策划。允许使用循环二进制Segementation,小波平滑(如刘et al .,和HaarSeg Ben-Yaacov和灵族),嗯,BioHMM,欢喜,CGHseg。大多数计算并行化(通过分叉或集群,包括MPI和套接字集群)和使用ff来存储数据。

作者:雷蒙Diaz-Uriarte Rueda < < rdiaz02 gmail.com >和奥斯卡·m·埃达。om gmail.com >。小波aCGH平滑代码从李许< lih fhcrc.org >和道格拉斯格罗夫< dgrove fhcrc.org >。Imagemap代码从巴里Rowlingson < B。Rowlingson lancaster.ac.uk >。HaarSeg代码从Erez Ben-Yaacov;下载< http://www.ee.technion.ac.il/people/YoninaEldar/Info/software/HaarSeg.htm >。代码从ffbase由埃德温·德容< https://github.com/edwindj/ffbase > < edwindjonge gmail.com >, Jan Wijffels范德朗简。

维护人员:雷蒙Diaz-Uriarte < rdiaz02 gmail.com >

从内部引用(R,回车引用(“ADaCGH2”)):

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“ADaCGH2”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“ADaCGH2”)

PDF R脚本 ADaCGH2概述
PDF ADaCGH2-long-examples.pdf
PDF benchmarks.pdf
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载
版本 2.38.0
Bioconductor自 BioC 2.7 (r - 2.12)(12.5年)
许可证 GPL (> = 3)
取决于 R(> = 3.2.0),并行,ff,很高兴
进口 ,DNAcopy,tilingArray,waveslim,集群,aCGH,snapCGH
链接
建议 CGHregions,开罗,limma
SystemRequirements
增强了 Rmpi
URL https://github.com/rdiaz02/adacgh2
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包 ADaCGH2_2.38.0.tar.gz
Windows二进制 ADaCGH2_2.38.0.zip(64位)
macOS二进制(x86_64) ADaCGH2_2.38.0.tgz
macOS二进制(arm64) ADaCGH2_2.38.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ADaCGH2
源库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/ ADaCGH2
Bioc包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/ADaCGH2/
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/ADaCGH2/
包下载报告 下载数据

文档»

Bioconductor

R/凹口包和文档

支持»

请阅读发布指南。文章质疑Bioconductor到以下位置:

  • 支持网站——关于Bioconductor包的问题
  • 正常词 开发人员邮件列表,包bob电竞体育官网