regutools

DOI:10.18129 / B9.bioc.regutools

regutools:从RegulonDB中提取数据的R包

Bioconductor版本:发行版(3.16)

近二十年来,RegulonDB从数百个实验中收集、协调和集中数据,被认为是大肠杆菌K12转录调控的参考点。在这里,我们提出了regultools R包,以促进编程访问计算生物学中的RegulonDB数据。regultools为研究人员提供了通过对RegulonDB的自动查询来编写可重复的工作流的可能性。regutools包通过重用由其他Bioconductor包提供支持的数据结构和统计方法,充当RegulonDB数据和Bioconductor生态系统之间的桥梁。通过分析来自RegulonDB的转录因子DNA结合位点和转录调控网络,我们展示了regulontools与Bioconductor的集成。我们预计,调控工具将作为一个有用的积木,在我们的进展,以进一步了解我们的基因调控网络。

作者:Joselyn Chavez [aut, cre], Carmina Barberena-Jonas [au], Jesus E. Sotelo-Fonseca [au], Jose Alquicira-Hernandez [ctb],海拉迪亚·萨尔加多[ctb],李奥纳多·科拉多-托雷斯[au], Alejandro Reyes [au]

维护者:Joselyn Chavez

引文(从R内,输入引用(“regutools”)):

安装

要安装这个包,启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“regutools”)

超文本标记语言 R脚本 regutools:从RegulonDB中提取数据的R包
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文本 新闻

细节

biocViews GeneExpressionGeneRegulation网络NetworkInference软件SystemsBiology转录可视化
版本 1.10.0
在Bioconductor BioC 3.11 (R-4.0)(2.5年)
许可证 艺术- 2.0
取决于 R (>= 4.0)
进口 AnnotationDbiAnnotationHubBiostringsDBIGenomicRangesGvizIRangesRCy3RSQLiteS4Vectors,方法,统计,utils,BiocFileCache
链接
建议 BiocStyleknitrRefManageRrmarkdownsessioninfotestthat(> =魅惑,covr
SystemRequirements
增强了
URL https://github.com/ComunidadBioInfo/regutools
BugReports https://support.bioconductor.org/t/regutools
全靠我
进口我
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 regutools_1.10.0.tar.gz
Windows二进制 regutools_1.10.0.zip
macOS二进制文件(x86_64) regutools_1.10.0.tgz
macOS二进制文件(arm64) regutools_1.10.0.tgz
源库 Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/regutools
源存储库(开发人员访问) Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/ regultools
生物包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/regutools/
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/regutools/
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