regutools

DOI:10.18129 / B9.bioc.regutools

regutools:从RegulonDB中提取数据的R包

Bioconductor版本:发行版(3.16)

近二十年来，RegulonDB从数百个实验中收集、协调和集中数据，被认为是大肠杆菌K12转录调控的参考点。在这里，我们提出了regultools R包，以促进编程访问计算生物学中的RegulonDB数据。regultools为研究人员提供了通过对RegulonDB的自动查询来编写可重复的工作流的可能性。regutools包通过重用由其他Bioconductor包提供支持的数据结构和统计方法，充当RegulonDB数据和Bioconductor生态系统之间的桥梁。通过分析来自RegulonDB的转录因子DNA结合位点和转录调控网络，我们展示了regulontools与Bioconductor的集成。我们预计，调控工具将作为一个有用的积木，在我们的进展，以进一步了解我们的基因调控网络。

作者:Joselyn Chavez [aut, cre]， Carmina Barberena-Jonas [au]， Jesus E. Sotelo-Fonseca [au]， Jose Alquicira-Hernandez [ctb]，海拉迪亚·萨尔加多[ctb]，李奥纳多·科拉多-托雷斯[au]， Alejandro Reyes [au]

维护者:Joselyn Chavez

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“regutools”)

超文本标记语言	R脚本	regutools:从RegulonDB中提取数据的R包
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	GeneExpression，GeneRegulation，网络，NetworkInference，软件，SystemsBiology，转录，可视化
版本	1.10.0
在Bioconductor	BioC 3.11 (R-4.0)(2.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (>= 4.0)
进口	AnnotationDbi，AnnotationHub，Biostrings，DBI，GenomicRanges，Gviz，IRanges，RCy3，RSQLite，S4Vectors，方法，统计，utils，BiocFileCache
链接
建议	BiocStyle，knitr，RefManageR，rmarkdown，sessioninfo，testthat(> =魅惑,covr
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/ComunidadBioInfo/regutools
BugReports	https://support.bioconductor.org/t/regutools
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	regutools_1.10.0.tar.gz
Windows二进制	regutools_1.10.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	regutools_1.10.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	regutools_1.10.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/regutools
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/ regultools
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/regutools/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/regutools/
软件包下载报告	下载数据