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DOI:10.18129 / B9.bioc.recoup
R包创建复杂的基因组概要情节
Bioconductor版本:版本(3.17)
补偿计算和情节概要文件创建的短序列信号读取来自下一代测序技术。提供的资料是sumarized曲线资料或者热图概要文件。目前,收回支持基因组配置文件块读取来自ChIP-Seq和RNA-Seq实验。包使用ggplot2和ComplexHeatmap图形曲线和设施的热图分别覆盖配置文件。
作者:Panagiotis Moulos < Moulos在fleming.gr >
维护人员:Panagiotis Moulos < Moulos在fleming.gr >
从内部引用(R,回车引用(“收回”)):
安装
安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:
如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“收回”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
文档
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes(“收回”)
| HTML | R脚本 | 介绍了补偿方案 |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 |
细节
| biocViews | ATACSeq,对齐,ChIPSeq,ChipOnChip,报道,DataImport,GeneExpression,ImmunoOncology,预处理,质量控制,RNASeq,测序,软件 |
| 版本 | 1.28.0 |
| Bioconductor自 | BioC 3.3 (r - 3.3)(7年) |
| 许可证 | GPL (> = 3) |
| 取决于 | R (> = 4.0.0),GenomicRanges,GenomicAlignmentsggplot2,ComplexHeatmap |
| 进口 | BiocGenerics,biomaRt,Biostringscirclize,GenomeInfoDb,GenomicFeatures、图形grDevices httr,IRanges、方法、并行RSQLite,Rsamtools,rtracklayer,S4Vectors、统计、stringr跑龙套 |
| 链接 | |
| 建议 | 网格,BiocStyleRUnit knitr rmarkdown,动物园,BiocManager,BSgenome,RMySQL |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | https://github.com/pmoulos/recoup |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 我的链接 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
| 源包 | recoup_1.28.0.tar.gz |
| Windows二进制 | recoup_1.28.0.zip |
| macOS二进制(x86_64) | recoup_1.28.0.tgz |
| macOS二进制(arm64) | recoup_1.27.0.tgz |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/recoup |
| 源库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/收回 |
| Bioc包浏览器 | https://code.bioconductor.org/browse/recoup/ |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/recoup/ |
| 包下载报告 | 下载数据 |
