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recountmethylation
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DOI:10.18129 / B9.bioc.recountmethylation
访问和分析公共DNA甲基化阵列数据汇编
Bioconductor版本:发行版(3.16)
来自NCBI GEO回购的公共DNAm阵列数据的交叉研究分析资源，使用Illumina的Infinium HumanMethylation450K (HM450K)和MethylationEPIC (EPIC)平台生成。提供的函数支持下载、汇总和筛选大型编译文件。小插图详细介绍了文件格式、示例分析等背景知识。注意包装上的免责声明，并为进一步的信息咨询主要手稿。
作者:Sean K Maden [cre, aut]
，布莱恩·沃尔什[aut]，凯尔·埃尔洛特[au]——卡斯珀·D·汉森[au]——里德·F·汤普森[作家]，阿比纳夫·内洛尔[au]
维护者:Sean K Maden < Maden at ohsu.edu>
引文(从R内，输入引用(“recountmethylation”))：
安装
要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:
如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")
对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．
文档
要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:
browseVignettes(“recountmethylation”)
| 超文本标记语言 | R脚本 | 数据分析 |
| 超文本标记语言 | R脚本 | 从DNAm阵列确定种群祖先 |
| 超文本标记语言 | R脚本 | DNAm阵列的最近邻分析 |
| 超文本标记语言 | R脚本 | DNAm阵列的功率分析 |
| 超文本标记语言 | R脚本 | 叙述甲基化用户指南 |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 |
细节
| biocViews | DNAMethylation，表观遗传学，ExperimentHub，MethylationArray，微阵列，软件 |
| 版本 | 1.8.0 |
| 在Bioconductor | BioC 3.12 (R-4.0)(2年) |
| 许可证 | 艺术- 2.0 |
| 取决于 | R (>= 4.1) |
| 进口 | minfi，HDF5Array，rhdf5，S4Vectors， utils，方法，RCurl，R.utils，BiocFileCache，IlluminaHumanMethylation450kmanifest |
| 链接 | |
| 建议 | knitr，testthat，ggplot2，gridExtra，rmarkdown，BiocStyle，GenomicRanges，limma，ExperimentHub，AnnotationHub |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | https://github.com/metamaden/recountmethylation |
| BugReports | https://github.com/metamaden/recountmethylation/issues |
| 全靠我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
| 源包 | recountmethylation_1.8.0.tar.gz |
| Windows二进制 | recountmethylation_1.8.0.zip |
| macOS二进制文件(x86_64) | recountmethylation_1.8.0.tgz |
| macOS二进制文件(arm64) | recountmethylation_1.8.0.tgz |
| 源库 | Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/recountmethylation |
| 源存储库(开发人员访问) | Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/ recretmethylation |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/recountmethylation/ |
| 软件包下载报告 | 下载数据 |
