recountWorkflow

DOI:10.18129 / B9.bioc.recountWorkflow

重新计票工作流程:访问超过70000人与Bioconductor RNA-seq样本

Bioconductor版本:版本(3.17)

recount2资源由超过70000统一处理人类RNA-seq样本生成TCGA SRA,包括GTEx。处理过的数据可以通过recount2访问网站,重新计票Bioconductor包。此工作流详细解释了如何使用重新计票包和如何将它与其他Bioconductor包数分析,可以进行recount2资源。特别是,我们描述如何覆盖数矩阵计算recount2以及不同的方法获取公共元数据,它可以促进下游分析。循序渐进的方向展示如何做一个基因水平差异表达分析,可视化基本基因组覆盖率数据,并执行一个分析在多个功能水平。这个工作流从而提供进一步的信息理解recount2和R的汇编代码中的数据使用的数据。

作者:达芬奇Collado-Torres (aut (cre),阿Nellore[所有],安德鲁·e·贾菲(施)

维护人员:达芬奇Collado-Torres < lcolladotor gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“recountWorkflow”)

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文档

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browseVignettes (“recountWorkflow”)

HTML	R脚本	重新计票工作流程:访问超过70000人与Bioconductor RNA-seq样本
文本		新闻

细节

biocViews	ResourceQueryingWorkflow,工作流
版本	1.24.0
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 3.6.0)
进口	重新计票,GenomicRanges,limma,刨边机,DESeq2,regionReport,clusterProfiler,org.Hs.eg.dbgplots,derfinder,GenomicState,bumphunter,derfinderPlot
链接
建议	BiocStyle,BiocWorkflowTools,sessioninfo knitr rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/LieberInstitute/recountWorkflow
BugReports	https://support.bioconductor.org/t/recountWorkflow/
取决于我
进口我
建议我
我的链接

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	recountWorkflow_1.24.0.tar.gz
Windows二进制
macOS二进制(x86_64)
macOS二进制(arm64)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/recountWorkflow
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ recountWorkflow
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/recountWorkflow/
包下载报告	下载数据