- 家
- Bioconductor 3.16
- 软件包
- recount3
recount3
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DOI:10.18129 / B9.bioc.recount3
探索从recount3项目和下载数据
Bioconductor版本:版本(3.16)
recount3包可以访问大量的统一处理RNA-seq来自人类和小鼠的数据。你可以下载RangedSummarizedExperiment对象在基因外显子或exon-exon连接水平与元数据和样品质量控制统计数据。除了我们提供的样本覆盖有重大影响的文件。
作者:达芬奇Collado-Torres (aut (cre)
维护人员:达芬奇Collado-Torres < lcolladotor gmail.com >
从内部引用(R,回车引用(“recount3”)):
安装
安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:
如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“recount3”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
文档
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes (“recount3”)
| HTML | R脚本 | recount3快速入门指南 |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 |
细节
| biocViews | 报道,DataImport,DifferentialExpression,GeneExpression,RNASeq,测序,软件 |
| 版本 | 1.8.0 |
| Bioconductor自 | BioC 3.12 (r - 4.0)(2年) |
| 许可证 | 艺术- 2.0 |
| 取决于 | SummarizedExperiment |
| 进口 | BiocFileCache、方法、rtracklayer,S4Vectors跑龙套,RCurl,data.table,R.utils,矩阵,GenomicRanges,sessioninfo、工具 |
| 链接 | |
| 建议 | BiocStyle,covr,knitcitations,knitr,RefManageR,rmarkdown,testthat,pryr,interactiveDisplayBase,重新计票 |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | https://github.com/LieberInstitute/recount3 |
| BugReports | https://github.com/LieberInstitute/recount3/issues |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | RNAseqQC |
| 我的链接 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
| 源包 | recount3_1.8.0.tar.gz |
| Windows二进制 | recount3_1.8.0.zip |
| macOS二进制(x86_64) | recount3_1.8.0.tgz |
| macOS二进制(arm64) | recount3_1.8.0.tgz |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/recount3 |
| 源库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/ recount3 |
| Bioc包浏览器 | https://code.bioconductor.org/browse/recount3/ |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/recount3/ |
| 包下载报告 | 下载数据 |
