重新计票

DOI:10.18129 / B9.bioc.recount

探索和下载的数据重新计票的项目

Bioconductor版本:版本(3.16)

探索和下载的数据重新计票的项目可以在https://jhubiostatistics.shinyapps.io/recount/。使用重新计票的包你可以下载RangedSummarizedExperiment对象在基因外显子或exon-exon连接水平,原始计数,表现型元数据使用,样例报道有重大影响的文件的url或平均覆盖率权贵文件为特定的研究。RangedSummarizedExperiment对象可以使用不同的包进行差异表达分析。使用//www.anjoumacpherson.com/packages/derfinder可以执行annotation-agnostic微分表达式分析与叙述的数据项目描述:http://www.nature.com/nbt/journal/v35/n4/full/nbt.3838.html。

作者:达芬奇Collado-Torres (aut (cre)因此Nellore[所有],安德鲁·e·贾菲(施)玛格丽特·a·托布(施)Kai Kammers[所有],香农·e·埃利斯(施),Kasper丹尼尔·汉森(施),本Langmead(施)黑色,杰弗里·t .韭菜(aut)

维护人员:达芬奇Collado-Torres < lcolladotor gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“讲述”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes(“讲述”)

HTML	R脚本	基本DESeq2结果探索
HTML	R脚本	重新计票快速入门指南
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	报道,DataImport,DifferentialExpression,GeneExpression,ImmunoOncology,RNASeq,测序,软件
版本	1.24.0
Bioconductor自	BioC 3.4 (r - 3.3)(6年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 3.5.0),SummarizedExperiment
进口	BiocParallel,derfinder,下载器,GEOquery,GenomeInfoDb,GenomicRanges,IRanges、方法、RCurl,rentrez,rtracklayer(> = 1.35.3),S4Vectors统计,跑龙套
链接
建议	AnnotationDbi,BiocManager,BiocStyle(> = 2.5.19),DESeq2,sessioninfo,EnsDb.Hsapiens.v79,GenomicFeatures,knitr(> = 1.6),org.Hs.eg.db,RefManageR,regionReport(> = 1.9.4),rmarkdown(> = 0.9.5),testthat(> =魅惑,covr,pheatmap,DT,刨边机,ggplot2,RColorBrewer
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/leekgroup/recount
BugReports	https://support.bioconductor.org/t/recount/
取决于我
进口我	psichomics,recountWorkflow,RNAAgeCalc,RnaSeqSampleSize
建议我	dasper,奥得河,recount3
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	recount_1.24.0.tar.gz
Windows二进制	recount_1.24.0.zip
macOS二进制(x86_64)	recount_1.24.0.tgz
macOS二进制(arm64)	recount_1.24.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/recount
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/重新计票
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/recount/
包下载报告	下载数据