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ramr
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DOI:10.18129 / B9.bioc.ramr
阵列和NGS数据中罕见异常甲基化区域的检测
Bioconductor版本:发行版(3.16)
ramr是一个R包，用于检测通过阵列甲基化分析或高通量亚硫酸氢盐测序获得的大型数据集中的低频异常甲基化事件。此外，该软件包还提供了将发现的异常甲基化区域(AMRs)可视化的功能，生成所有可能区域的集合，用作富集分析的参考集，并生成生物学相关的测试数据集，用于AMR/DMR搜索算法的性能评估。
作者:Oleksii Nikolaienko [aut, cre]
维护者:Oleksii Nikolaienko < Oleksii。尼古拉连科在gmail.com>
引文(从R内，输入引用(“ramr”))：
安装
要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:
如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")
对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．
文档
要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:
browseVignettes(“ramr”)
| 超文本标记语言 | R脚本 | ramr |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 |
细节
| biocViews | DNAMethylation，DifferentialMethylation，表观遗传学，MethylSeq，MethylationArray，软件 |
| 版本 | 1.6.0 |
| 在Bioconductor | BioC 3.13 (R-4.1)(1.5年) |
| 许可证 | 艺术- 2.0 |
| 取决于 | R (>= 4.1)，GenomicRanges平行,doParallel，foreach，doRNG、方法 |
| 进口 | IRanges，BiocGenerics，ggplot2，reshape2，EnvStats，ExtDist，matrixStats，S4Vectors |
| 链接 | |
| 建议 | RUnit，knitr，rmarkdown，gridExtra，annotatr，萝拉，org.Hs.eg.db，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | https://github.com/BBCG/ramr |
| BugReports | https://github.com/BBCG/ramr/issues |
| 全靠我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
| 源包 | ramr_1.6.0.tar.gz |
| Windows二进制 | ramr_1.6.0.zip(64位) |
| macOS二进制文件(x86_64) | ramr_1.6.0.tgz |
| macOS二进制文件(arm64) | ramr_1.6.0.tgz |
| 源库 | Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ramr |
| 源存储库(开发人员访问) | Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/ramr |
| 生物包浏览器 | https://code.bioconductor.org/browse/ramr/ |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/ramr/ |
| 软件包下载报告 | 下载数据 |
