rGREAT

DOI:10.18129 / B9.bioc.rGREAT

伟大的分析-基因组区域的功能富集

Bioconductor版本:发行版(3.16)

GREAT (Genomic Regions Enrichment of Annotations Tool)是一种直接对基因组区域进行功能富集分析的方法。这个包实现了GREAT算法(本地的GREAT分析),也支持直接与GREAT web服务交互(在线的GREAT分析)。两个分析都可以通过Shiny应用程序查看。rGREAT默认支持超过600种生物和大量的基因集集合,也支持用户自行提供的基因集和生物。此外,它还实现了一种处理背景区域的通用方法。

作者:顾祖光[aut, cre]

维护者:祖光谷

引文(从R内,输入引用(“rGREAT”)):

安装

要安装这个包,启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“rGREAT”)

超文本标记语言 R脚本 1.使用在线GREAT分析
超文本标记语言 R脚本 2.与本地GREAT分析
超文本标记语言 R脚本 3.与其他生物合作
超文本标记语言 R脚本 4.与其他基因集数据库合作
超文本标记语言 5.其他文件
PDF 参考手册
文本 新闻
文本 许可证

细节

biocViews 报道GeneSetEnrichmentGenomeAnnotation通路测序软件WholeGenome
版本 2.0.2
在Bioconductor BioC 3.1 (R-3.2)(8年)
许可证 MIT +文件许可证
取决于 R (>= 3.6.0),GenomicRangesIRanges、方法
进口 图形,rjsonGetoptLong(> = 0.0.9),RCurl, utils,统计,GlobalOptions闪亮的DTGenomicFeatures消化GO.db进步circlizeAnnotationDbiTxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGeneTxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGeneorg.Hs.eg.dbRColorBrewerS4VectorsGenomeInfoDbforeachdoParallelRcpp
链接 Rcpp
建议 testthat(> = 0.3),knitrrmarkdownBiocManagerorg.Mm.eg.dbmsigdbrKEGGRESTreactome.db
SystemRequirements
增强了 BioMartGOGeneSets,UniProtKeywords
URL https://github.com/jokergoo/rGREAThttp://great.stanford.edu/public/html/
全靠我
进口我 ATACCoGAPSprofileplyr
建议我 TADCompare
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 rGREAT_2.0.2.tar.gz
Windows二进制 rGREAT_2.0.2.zip(64位)
macOS二进制文件(x86_64) rGREAT_2.0.2.tgz
macOS二进制文件(arm64) rGREAT_2.0.2.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/rGREAT
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/rGREAT
生物包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/rGREAT/
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/rGREAT/
软件包下载报告 下载数据
BioC 3.16的旧源包 源存档

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支持»

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  • 正常词 邮件列表——供包开发人员使用bob电竞体育官网