rGREAT

DOI:10.18129 / B9.bioc.rGREAT

伟大的分析-基因组区域的功能富集

Bioconductor版本:发行版(3.16)

GREAT (Genomic Regions Enrichment of Annotations Tool)是一种直接对基因组区域进行功能富集分析的方法。这个包实现了GREAT算法(本地的GREAT分析)，也支持直接与GREAT web服务交互(在线的GREAT分析)。两个分析都可以通过Shiny应用程序查看。rGREAT默认支持超过600种生物和大量的基因集集合，也支持用户自行提供的基因集和生物。此外，它还实现了一种处理背景区域的通用方法。

作者:顾祖光[aut, cre]

维护者:祖光谷

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“rGREAT”)

超文本标记语言	R脚本	1.使用在线GREAT分析
超文本标记语言	R脚本	2.与本地GREAT分析
超文本标记语言	R脚本	3.与其他生物合作
超文本标记语言	R脚本	4.与其他基因集数据库合作
超文本标记语言		5.其他文件
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	报道，去，GeneSetEnrichment，GenomeAnnotation，通路，测序，软件，WholeGenome
版本	2.0.2
在Bioconductor	BioC 3.1 (R-3.2)(8年)
许可证	MIT +文件许可证
取决于	R (>= 3.6.0)，GenomicRanges，IRanges、方法
进口	图形,rjson，GetoptLong(> = 0.0.9),RCurl， utils，统计，GlobalOptions，闪亮的，DT，GenomicFeatures，消化，GO.db，进步，circlize，AnnotationDbi，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene，org.Hs.eg.db，RColorBrewer，S4Vectors，GenomeInfoDb，foreach，doParallel，Rcpp
链接	Rcpp
建议	testthat(> = 0.3),knitr，rmarkdown，BiocManager，org.Mm.eg.db，msigdbr，KEGGREST，reactome.db
SystemRequirements
增强了	BioMartGOGeneSets,UniProtKeywords
URL	https://github.com/jokergoo/rGREAThttp://great.stanford.edu/public/html/
全靠我
进口我	ATACCoGAPS，profileplyr
建议我	TADCompare
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	rGREAT_2.0.2.tar.gz
Windows二进制	rGREAT_2.0.2.zip(64位)
macOS二进制文件(x86_64)	rGREAT_2.0.2.tgz
macOS二进制文件(arm64)	rGREAT_2.0.2.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/rGREAT
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/rGREAT
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/rGREAT/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/rGREAT/
软件包下载报告	下载数据
BioC 3.16的旧源包	源存档