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quantiseqr
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DOI:10.18129 / B9.bioc.quantiseqr
从RNA-seq数据定量肿瘤免疫结构
Bioconductor版本:发行版(3.16)
该软件包为quanTIseq方法提供了一个简化的工作流程，开发用于从RNA-seq数据中量化肿瘤免疫环境。量化是针对TIL10签名(解剖十种免疫细胞类型的贡献)进行的，从一系列人类RNA-seq样本中精心制作。TIL10特征已通过模拟、流式细胞术和免疫组织化学数据得到广泛验证。
作者:Federico Marini [aut, cre]
，弗朗西斯卡·菲诺特洛[作者]
维护者:Federico Marini
引文(从R内，输入引用(“quantiseqr”))：
安装
要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:
如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")
对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．
文档
要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:
browseVignettes(“quantiseqr”)
| 超文本标记语言 | R脚本 | 使用quantiseqr |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 |
细节
| biocViews | 注释，分类，ExperimentHubSoftware，FeatureExtraction，FlowCytometry，GeneExpression，ImmunoOncology，微阵列，测序，软件，StatisticalMethod，转录，转录组，可视化 |
| 版本 | 1.6.0 |
| 在Bioconductor | BioC 3.13 (R-4.1)(1.5年) |
| 许可证 | GPL-3 |
| 取决于 | R (>= 4.1.0) |
| 进口 | Biobase，limSolve，质量、方法、preprocessCore统计数据,SummarizedExperiment，ggplot2，tidyr，rlang,跑龙套 |
| 链接 | |
| 建议 | AnnotationDbi，BiocStyle，dplyr，ExperimentHub，GEOquery，knitr，巨噬细胞，org.Hs.eg.db，reshape2，rmarkdown，testthat，宠物猫 |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | |
| 全靠我 | |
| 进口我 | 更容易 |
| 建议我 | |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
| 源包 | quantiseqr_1.6.0.tar.gz |
| Windows二进制 | quantiseqr_1.6.0.zip |
| macOS二进制文件(x86_64) | quantiseqr_1.6.0.tgz |
| macOS二进制文件(arm64) | quantiseqr_1.6.0.tgz |
| 源库 | Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/quantiseqr |
| 源存储库(开发人员访问) | Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/quantiseqr |
| 生物包浏览器 | https://code.bioconductor.org/browse/quantiseqr/ |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/quantiseqr/ |
| 软件包下载报告 | 下载数据 |
