qsea

DOI:10.18129 / B9.bioc.qsea

数据分析和vizualization IP-seq

Bioconductor版本:版本(3.16)

qsea(定量浓缩测序分析)是发达的继任者MEDIPS方案分析数据来源于甲基化DNA免疫沉淀反应(MeDIP)实验测序(MeDIP-seq)紧随其后。然而,qsea提供几个功能的其他类型的定量测序数据的分析(例如ChIP-seq、MBD-seq CMS-seq和其他人)包括计算之间的微分浓缩样品组。

作者:马提亚Lienhard,卢卡斯查韦斯,拉尔夫为了

维护人员:马提亚Lienhard < Lienhard在molgen.mpg.de >

安装

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如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“qsea”)

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HTML	R脚本	qsea
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文本		新闻

细节

biocViews	ChIPSeq,ChipOnChip,CopyNumberVariation,CpGIsland,DNAMethylation,DifferentialMethylation,归一化,预处理,质量控制,测序,软件,可视化
版本	1.24.0
Bioconductor自	BioC 3.4 (r - 3.3)(6年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于	R (> = 3.5)
进口	Biostrings、图形、gtools、方法、统计跑龙套,HMMcopy,rtracklayer,BSgenome,GenomicRanges,Rsamtools,IRanges,limma,GenomeInfoDb,BiocGenericsgrDevices,动物园,BiocParallel
链接
建议	BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19,MEDIPSData,testthat,BiocStyle,knitr,rmarkdown,BiocManager,质量
SystemRequirements
增强了
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取决于我
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包档案

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源包	qsea_1.24.0.tar.gz
Windows二进制	qsea_1.24.0.zip(64位)
macOS二进制(x86_64)	qsea_1.24.0.tgz
macOS二进制(arm64)	qsea_1.23.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/qsea
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ qsea
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/qsea/
包下载报告	下载数据