ptairMS

DOI:10.18129 / B9.bioc.ptairMS

PTR-TOF-MS数据预处理

Bioconductor版本:发行版(3.16)

该软件包实现了一套方法来预处理来自PTR-TOF-MS仪器(HDF5格式)的数据，并生成除样本和特征元数据外的“按特征采样”峰值强度表(作为后续统计分析的单个ExpressionSet对象)。该软件包还允许有用的队列管理工具，如逐步分析数据，可视化工具和质量控制。其步骤包括标定、过期检测、峰值检测与量化、特征对齐、缺失值imputation和特征标注。应用呼出的空气和细胞培养在头顶描述的插图和例子。该软件包用于Gassin Delyle研究中因严重COVID-19或非COVID-19急性呼吸窘迫综合征(ARDS)而在重症监护病房接受有侵入性机械通气的成年人的数据分析，并允许识别四种潜在的感染生物标志物。

作者:camille roqucourtt [aut, cre]

维护者:camille roqucourtt

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“ptairMS”)

超文本标记语言	R脚本	ptaiMS: PTR-TOF-MS数据的处理和分析
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文本		新闻

细节

biocViews	对齐,MassSpectrometry,代谢组学,PeakDetection,预处理,软件
版本	1.6.0
在Bioconductor	BioC 3.13 (R-4.1)(1.5年)
许可证	GPL-3
取决于
进口	Biobase,bit64,时间,data.table,doParallel,DT,enviPat,foreach,ggplot2，图形，grDevices，ggpubr,gridExtra,Hmisc、方法、minpack.lm,MSnbase平行,情节,rhdf5,rlang,Rcpp,闪亮的,shinyscreenshot,信号,尺度，统计，效用
链接	Rcpp
建议	knitr,rmarkdown,BiocStyle,testthat(> =魅惑,ptairData,ropls
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports	https://github.com/camilleroquencourt/ptairMS/issues
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包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	ptairMS_1.6.0.tar.gz
Windows二进制	ptairMS_1.6.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	ptairMS_1.6.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	ptairMS_1.6.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ptairMS
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/ptairMS
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/ptairMS/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/ptairMS/
软件包下载报告	下载数据