primirTSS

DOI:10.18129 / B9.bioc.primirTSS

预测pri-miRNA转录起始站点

Bioconductor版本:版本(3.17)

一个快速、方便的工具来识别microrna的tss集成H3K4me3和波尔II的数据以及结合保护水平和序列功能,提供命令行和图形界面内,达到一个更好的性能比前non-cell-specific microrna的tss的方法。

作者:李Pumin (aut (cre),齐旭(aut),杰李(aut),晋王(aut)

维护人员:李Pumin < ipumin 163. com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“primirTSS”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“primirTSS”)

HTML	R脚本	primirTSS
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	GeneRegulation,遗传学,ImmunoOncology,预处理,RNASeq,测序,软件,转录
版本	1.18.0
Bioconductor自	BioC 3.8 (r - 3.5)(4.5年)
许可证	GPL-2
取决于	R (> = 3.5.0)
进口	GenomicRanges(> = 1.32.2),S4Vectors(> = 0.18.2),rtracklayer(> = 1.40.3)dplyr (> = 0.7.6) stringr (> = 1.3.1) tidyr (> = 0.8.1),Biostrings(> = 2.48.0)purrr (> = 0.2.5),BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38(> = 1.4.1),phastCons100way.UCSC.hg38(> = 3.7.1),GenomicScores(> = 1.4.1),闪亮的(> = 1.0.5),Gviz(> = 1.24.0),BiocGenerics(> = 0.26.0),IRanges(> = 2.14.10),TFBSTools(> = 1.18.0),JASPAR2018(> = 1.1.1),宠物猫(> = 1.4.2),R。跑龙套(> = 2.6.0)统计,跑龙套
链接
建议	knitr, rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/ipumin/primirTSS
BugReports	http://github.com/ipumin/primirTSS/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	primirTSS_1.18.0.tar.gz
Windows二进制	primirTSS_1.18.0.zip
macOS二进制(x86_64)	primirTSS_1.18.0.tgz
macOS二进制(arm64)	primirTSS_1.18.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/primirTSS
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ primirTSS
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/primirTSS/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/primirTSS/
包下载报告	下载数据