primirTSS

DOI:10.18129 / B9.bioc.primirTSS

预测pri-miRNA转录起始站点

Bioconductor版本:版本(3.17)

一个快速、方便的工具来识别microrna的tss集成H3K4me3和波尔II的数据以及结合保护水平和序列功能,提供命令行和图形界面内,达到一个更好的性能比前non-cell-specific microrna的tss的方法。

作者:李Pumin (aut (cre),齐旭(aut),杰李(aut),晋王(aut)

维护人员:李Pumin < ipumin 163. com >

从内部引用(R,回车引用(“primirTSS”)):

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“primirTSS”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

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文本 新闻

细节

biocViews GeneRegulation,遗传学,ImmunoOncology,预处理,RNASeq,测序,软件,转录
版本 1.18.0
Bioconductor自 BioC 3.8 (r - 3.5)(4.5年)
许可证 GPL-2
取决于 R (> = 3.5.0)
进口 GenomicRanges(> = 1.32.2),S4Vectors(> = 0.18.2),rtracklayer(> = 1.40.3)dplyr (> = 0.7.6) stringr (> = 1.3.1) tidyr (> = 0.8.1),Biostrings(> = 2.48.0)purrr (> = 0.2.5),BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38(> = 1.4.1),phastCons100way.UCSC.hg38(> = 3.7.1),GenomicScores(> = 1.4.1),闪亮的(> = 1.0.5),Gviz(> = 1.24.0),BiocGenerics(> = 0.26.0),IRanges(> = 2.14.10),TFBSTools(> = 1.18.0),JASPAR2018(> = 1.1.1),宠物猫(> = 1.4.2),R。跑龙套(> = 2.6.0)统计,跑龙套
链接
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SystemRequirements
增强了
URL https://github.com/ipumin/primirTSS
BugReports http://github.com/ipumin/primirTSS/issues
取决于我
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包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包 primirTSS_1.18.0.tar.gz
Windows二进制 primirTSS_1.18.0.zip
macOS二进制(x86_64) primirTSS_1.18.0.tgz
macOS二进制(arm64) primirTSS_1.18.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/primirTSS
源库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/ primirTSS
Bioc包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/primirTSS/
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/primirTSS/
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