- 首页
- Bioconductor 3.16
- 软件包
- podkat
podkat
 |
 |
 |
 |
 |
 |
 |
DOI:10.18129 / B9.bioc.podkat
位置相关核关联检验
Bioconductor版本:发行版(3.16)
这个包提供了一个关联测试，能够处理非常罕见甚至私有的变体。这是通过基于内核的方法来完成的，该方法将变量的位置考虑在内。该测试可用于预处理矩阵数据，也可直接用于VCF文件中存储的变量数据。关联检测可以进行全基因组，全外显子组，或限制在预定义的感兴趣的区域。测试由分析和可视化结果的工具补充。
作者:Ulrich Bodenhofer
维护者:Ulrich Bodenhofer < Bodenhofer at bioinf.jku.at>
引文(从R内，输入引用(“podkat”))：
安装
要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:
如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")
对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．
文档
要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:
browseVignettes(“podkat”)
| R脚本 | PODKAT -一个R包，用于涉及稀有和私有变体的关联测试 | |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 |
细节
| biocViews | 注释，DataImport，遗传学，测序，软件，VariantAnnotation，WholeGenome |
| 版本 | 1.30.0 |
| 在Bioconductor | BioC 3.1 (R-3.2)(8年) |
| 许可证 | GPL (>= 2) |
| 取决于 | R(>= 3.5.0)，方法，Rsamtools(> = 1.99.1),GenomicRanges |
| 进口 | Rcpp(>= 0.11.1)，并行，统计，图形，grDevices, utils，Biobase，BiocGenerics，矩阵，GenomeInfoDb，IRanges，Biostrings，BSgenome(> = 1.32.0) |
| 链接 | Rcpp，Rhtslib(> = 1.15.3) |
| 建议 | BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38.masked，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene，BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm10.masked，GWASTools(> = 1.13.24),VariantAnnotation，SummarizedExperiment，knitr |
| SystemRequirements | GNU使 |
| 增强了 | |
| URL | http://www.bioinf.jku.at/software/podkat/https://github.com/UBod/podkat |
| 全靠我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
| 源包 | podkat_1.30.0.tar.gz |
| Windows二进制 | podkat_1.30.0.zip |
| macOS二进制文件(x86_64) | podkat_1.30.0.tgz |
| macOS二进制文件(arm64) | podkat_1.30.0.tgz |
| 源库 | Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/podkat |
| 源存储库(开发人员访问) | Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/podkat |
| 生物包浏览器 | https://code.bioconductor.org/browse/podkat/ |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/podkat/ |
| 软件包下载报告 | 下载数据 |
