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philr
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DOI:10.18129 / B9.bioc.philr
基于系统发育划分的宏基因组数据ILR转换
Bioconductor版本:发行版(3.16)
PhILR是系统发育等距对数比变换的缩写。这个包提供了分析组成数据的函数(例如，表示不同变量/部件比例的数据)。具体来说，该软件包允许对组成数据进行分析，其中各部分可以通过系统发育树进行关联(这在微生物区系调查数据中很常见)，并提供从系统发育树构建的等长对数比转换，并使用加权参考度量。
作者:Justin Silverman [aut, cre]， Leo Lahti [ctb]
维护人员:Justin Silverman
引用(从R中，输入引用(“philr”))：
安装
要安装此包，启动R(版本“4.2”)并输入:
如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("philr")
对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．
文档
要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:
browseVignettes(“philr”)
| 超文本标记语言 | R脚本 | PhILR简介 |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 |
细节
| biocViews | ImmunoOncology，宏基因组，微生物组，测序，软件 |
| 版本 | 1.24.0 |
| 在Bioconductor公司 | BioC 3.4 (R-3.3)(6年) |
| 许可证 | GPL-3 |
| 取决于 | |
| 进口 | 猿，phangorn，tidyr，ggplot2，ggtree、方法 |
| 链接 | |
| 建议 | testthat，knitr，ecodist，rmarkdown，BiocStyle，phyloseq，SummarizedExperiment，TreeSummarizedExperiment，glmnet，dplyr，米娅 |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | https://github.com/jsilve24/philr |
| BugReports | https://github.com/jsilve24/philr/issues |
| 全靠我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 给我的链接 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。
| 源包 | philr_1.24.0.tar.gz |
| Windows二进制 | philr_1.24.0.zip |
| macOS二进制文件(x86_64) | philr_1.24.0.tgz |
| macOS二进制文件(arm64) | philr_1.24.0.tgz |
| 源库 | Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/philr |
| 源存储库(开发人员访问) | Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/philr |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/philr/ |
| 软件包下载报告 | 下载数据 |
