phantasus

DOI:10.18129 / B9.bioc.phantasus

可视化和交互式基因表达分析

Bioconductor版本:发行版(3.16)

Phantasus是一个可视化和交互式基因表达分析的网络应用程序。Phantasus基于基于网络的热图可视化和分析软件Morpheus，该软件通过OpenCPU API与R环境集成。除了基本的可视化和过滤方法，支持基于r的方法，如k-means聚类、主成分分析或带有limma包的差分表达式分析。

作者:Daria Zenkova [aut]， Vladislav Kamenev [aut]， Rita Sablina [ctb]， Maxim Kleverov [ctb]， Maxim Artyomov [aut]， Alexey Sergushichev [aut, cre]

维护人员:Alexey Sergushichev

安装

要安装此包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("phantasus")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“phantasus”)

超文本标记语言	R脚本	使用phantasus应用程序
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	聚类，DataRepresentation，DifferentialExpression，GUI，GeneExpression，ImmunoOncology，微阵列，归一化，PrincipalComponent，RNASeq，软件，转录组，可视化
版本	1.17.6
Bioconductor自	BioC 3.7 (R-3.5)(4.5年)
许可证	麻省理工学院+文件许可证
取决于	R (> = 3.5)
进口	ggplot2，protolite，Biobase，GEOquery，车，htmltools，httpuv，jsonlite，limma，opencpu，为了、方法、httr，rhdf5跑龙套,平行,stringr，fgsea(> = 1.9.4),svglite，gtable统计数据,矩阵，pheatmap，尺度，ccaPP、网格、grDevicesAnnotationDbi，DESeq2，data.table，旋度
链接
建议	testthat，BiocStyle，knitr，rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL	https://genome.ifmo.ru/phantasushttps://artyomovlab.wustl.edu/phantasus
BugReports	https://github.com/ctlab/phantasus/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

源包	phantasus_1.17.6.tar.gz
Windows二进制	phantasus_1.17.6.zip
macOS二进制(x86_64)	phantasus_1.17.6.tgz
macOS二进制(arm64)	phantasus_1.17.2.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/phantasus
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ phantasus
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/phantasus/
包下载报告	下载数据