pcaExplorer

DOI:10.18129 / B9.bioc.pcaExplorer

使用主成分方法的RNA-seq数据的交互式可视化

Bioconductor版本:发行版(3.16)

该软件包提供了基于主成分分析的RNA-seq数据集的交互式可视化功能。所提供的方法允许快速提取信息和有效的数据探索。Shiny应用程序封装了整个分析。

作者:Federico Marini [aut, cre]

维护者:Federico Marini

引文(从R内,输入引用(“pcaExplorer”)):

安装

要安装这个包,启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager", quiet = TRUE))安装包("BiocManager")

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文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“pcaExplorer”)

超文本标记语言 R脚本 pcaExplorer用户指南
超文本标记语言 R脚本 使用pcaExplorer启动并运行
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文本 新闻
文本 许可证

细节

biocViews DimensionReductionGUIImmunoOncologyPrincipalComponent质量控制RNASeqReportWriting软件可视化
版本 2.24.0
在Bioconductor BioC 3.3 (R-3.3)(6.5年)
许可证 MIT +文件许可证
取决于
进口 DESeq2SummarizedExperimentGenomicRangesIRangesS4Vectorsgenefilterggplot2(> = 2.0.0),的热图情节尺度NMFplyrtopGOlimmaGOstatsGO.dbAnnotationDbi闪亮的(> = 0.12.0),shinydashboardshinyBSggrepelDTshinyAcethreejsbiomaRtpheatmapknitrrmarkdownbase64enctidyr, grDevices,方法
链接
建议 testthatBiocStyle气道org.Hs.eg.dbhtmltools
SystemRequirements
增强了
URL https://github.com/federicomarini/pcaExplorerhttps://federicomarini.github.io/pcaExplorer/
BugReports https://github.com/federicomarini/pcaExplorer/issues
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包档案

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源包 pcaExplorer_2.24.0.tar.gz
Windows二进制 pcaExplorer_2.24.0.zip
macOS二进制文件(x86_64) pcaExplorer_2.24.0.tgz
macOS二进制文件(arm64) pcaExplorer_2.24.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/pcaExplorer
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/pcaExplorer
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/pcaExplorer/
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