pathview

DOI:10.18129 / B9.bioc.pathview

一组工具基于路径的数据集成和可视化

Bioconductor版本:版本(3.16)

Pathview工具集是基于路径的数据集成和可视化。这地图和呈现各种各样的生物相关数据通路图。所有用户需要的是提供数据并指定目标的途径。Pathview自动下载路径图数据、解析数据文件,将用户数据映射到路径,并呈现与映射的数据通路图。此外,Pathview还无缝地集成了通路和基因(浓缩)分析工具对大规模和完全自动化分析。

作者:Weijun罗

维护人员:Weijun罗< luo_weijun yahoo.com >

从内部引用(R,回车引用(“pathview”)):

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“pathview”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放

文档

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browseVignettes (“pathview”)

PDF R脚本 Pathview:基于路径的数据集成和可视化
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews DifferentialExpression,GeneExpression,GeneSetEnrichment,遗传学,GraphAndNetwork,代谢组学,微阵列,通路,蛋白质组学,RNASeq,测序,软件,SystemsBiology,可视化
版本 1.38.0
Bioconductor自 BioC 2.12 (r - 3.0)(10年)
许可证 GPL (> = 3.0)
取决于 R (> = 3.5.0)
进口 KEGGgraph,XML,Rgraphviz,,png,AnnotationDbi,org.Hs.eg.db,KEGGREST、方法、跑龙套
链接
建议 ,org.Mm.eg.db,RUnit,BiocGenerics
SystemRequirements
增强了
URL https://github.com/datapplab/pathviewhttps://pathview.uncc.edu/
取决于我 BioNetStat,EGSEA,RNASeqR,SBGNview
进口我 debrowser,EnrichmentBrowser,GDCRNATools,MAGeCKFlute,TCGAbiolinksGUI,TCGAWorkflow
建议我 CAGEWorkflow,,gageData,TCGAbiolinks
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包 pathview_1.38.0.tar.gz
Windows二进制 pathview_1.38.0.zip
macOS二进制(x86_64) pathview_1.38.0.tgz
macOS二进制(arm64) pathview_1.38.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/pathview
源库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/ pathview
Bioc包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/pathview/
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/pathview/
包下载报告 下载数据

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  • 支持网站——关于Bioconductor包的问题
  • 正常词 开发人员邮件列表,包bob电竞体育官网