oposSOM

DOI:10.18129 / B9.bioc.oposSOM

转录组数据综合分析

Bioconductor版本:发行版(3.16)

该包将微阵列表达式数据转换为降维元数据。它提供了各种以样本为中心和以组为中心的可视化、样本相似性分析和功能丰富分析。底层SOM算法结合了特征聚类、多维缩放和降维,以及强大的可视化能力。它支持提取和描述数据中固有的函数表达式模块。

作者:Henry Loeffler-Wirth , Hoang Thanh Le < Le at izbi.uni-leipzig.de>和Martin Kalcher

维护者:Henry Loeffler-Wirth

引文(从R内,输入引用(“oposSOM”)):

安装

要安装这个包,启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“oposSOM”)

PDF R脚本 负鼠用户指南
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews DataRepresentationDifferentialExpressionGeneExpressionGeneSetEnrichment软件可视化
版本 2.16.0
在Bioconductor BioC 3.0 (R-3.1)(8.5年)
许可证 GPL (> = 2)
取决于 R (>= 4.0.0),igraph(> = 1.0.0)
进口 fastICAtsnescatterplot3d象图fdrtoolbiomaRtBiobaseRcppParallelRcpp、方法、XMLpngRCurl
链接 RcppParallelRcpp
建议
SystemRequirements
增强了
URL http://som.izbi.uni-leipzig.de
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 oposSOM_2.16.0.tar.gz
Windows二进制 oposSOM_2.16.0.zip
macOS二进制文件(x86_64) oposSOM_2.16.0.tgz
macOS二进制文件(arm64) oposSOM_2.16.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/oposSOM
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/oposSOM
生物包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/oposSOM/
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/oposSOM/
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