ontoProc

DOI:10.18129 / B9.bioc.ontoProc

解剖、细胞系等本体的处理

Bioconductor版本:发行版(3.16)

支持收集各种生物信息本体,特别利用CRAN上的ontologyIndex包。我们提供了关于细胞、细胞系、化合物和解剖学术语的关键本体快照,以帮助分析基因组规模的实验,特别是细胞x化合物筛选。另一个目的是加强引人注目的用例的开发,以实现新兴本体的更丰富的接口。

作者:文森特·凯里[ctb, cre],莎拉·斯坦凯维奇[ctb]

维护者:Vincent Carey

引文(从R内,输入引用(“ontoProc”)):

安装

要安装这个包,启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“ontoProc”)

超文本标记语言 R脚本 ontoProc:一些面向本体的实用程序,为Bioconductor提供单细胞功能
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews 基础设施软件
版本 1.20.0
在Bioconductor BioC 3.6 (R-3.4)(5年)
许可证 艺术- 2.0
取决于 R (>= 4.0),ontologyIndex
进口 BiobaseS4Vectors,方法,统计,utils,BiocFileCache闪亮的RgraphvizontologyPlotdplyrmagrittrDTigraphAnnotationHubSummarizedExperiment
链接
建议 knitrorg.Hs.eg.dborg.Mm.eg.dbtestthatBiocStyleSingleCellExperimentcelldexrmarkdownAnnotationDbi
SystemRequirements
增强了
URL https://github.com/vjcitn/ontoProc
BugReports https://github.com/vjcitn/ontoProc/issues
全靠我 SingleRBook
进口我 pogotenXplore
建议我 BiocOncoTK
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 ontoProc_1.20.0.tar.gz
Windows二进制 ontoProc_1.20.0.zip(64位)
macOS二进制文件(x86_64) ontoProc_1.20.0.tgz
macOS二进制文件(arm64) ontoProc_1.20.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ontoProc
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/ontoProc
生物包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/ontoProc/
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/ontoProc/
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  • 正常词 邮件列表——供包开发人员使用bob电竞体育官网