ontoProc

DOI:10.18129 / B9.bioc.ontoProc

解剖、细胞系等本体的处理

Bioconductor版本:发行版(3.16)

支持收集各种生物信息本体，特别利用CRAN上的ontologyIndex包。我们提供了关于细胞、细胞系、化合物和解剖学术语的关键本体快照，以帮助分析基因组规模的实验，特别是细胞x化合物筛选。另一个目的是加强引人注目的用例的开发，以实现新兴本体的更丰富的接口。

作者:文森特·凯里[ctb, cre]，莎拉·斯坦凯维奇[ctb]

维护者:Vincent Carey

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“ontoProc”)

超文本标记语言	R脚本	ontoProc:一些面向本体的实用程序，为Bioconductor提供单细胞功能
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	去，基础设施，软件
版本	1.20.0
在Bioconductor	BioC 3.6 (R-3.4)(5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (>= 4.0)，ontologyIndex
进口	Biobase，S4Vectors，方法，统计，utils，BiocFileCache，闪亮的，图，Rgraphviz，ontologyPlot，dplyr，magrittr，DT，igraph，AnnotationHub，SummarizedExperiment
链接
建议	knitr，org.Hs.eg.db，org.Mm.eg.db，testthat，BiocStyle，SingleCellExperiment，celldex，rmarkdown，AnnotationDbi
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/vjcitn/ontoProc
BugReports	https://github.com/vjcitn/ontoProc/issues
全靠我	SingleRBook
进口我	pogo，tenXplore
建议我	BiocOncoTK
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	ontoProc_1.20.0.tar.gz
Windows二进制	ontoProc_1.20.0.zip(64位)
macOS二进制文件(x86_64)	ontoProc_1.20.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	ontoProc_1.20.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ontoProc
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/ontoProc
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/ontoProc/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/ontoProc/
软件包下载报告	下载数据