Bioconductor版本:发行版(3.16)
这个包有助于识别相对于正常组织,肿瘤亚群中过度表达的mrna。理想的输入是来自许多患者同一组织的配对肿瘤-正常数据(>15对)。这种无监督的方法依赖于观察,即癌基因仅在人群中的一部分肿瘤中具有特征性的过表达,并且可能有助于仅根据先前未知亚型之间mRNA表达的差异来识别癌基因候选。
作者:丹尼尔·皮克,约翰·格雷利,杰西卡·马
维护者:Daniel Pique < Daniel。Pique在med.einstein.yu.edu>
引文(从R内,输入引用(“oncomix”)
):
要安装这个包,启动R(版本“4.2”)并输入:
如果(!require("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")
对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放.
要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:
browseVignettes(“oncomix”)
超文本标记语言 | R脚本 | OncoMix装饰图案 |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 |
biocViews | GeneExpression,测序,软件 |
版本 | 1.20.0 |
在Bioconductor | BioC 3.6 (R-3.4)(5年) |
许可证 | GPL-3 |
取决于 | R (>= 3.4.0) |
进口 | ggplot2,ggrepel,RColorBrewer,mclust统计数据,SummarizedExperiment |
链接 | |
建议 | knitr,rmarkdown,testthat,RMySQL |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | |
全靠我 | |
进口我 | |
建议我 | |
链接到我 | |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
源包 | oncomix_1.20.0.tar.gz |
Windows二进制 | oncomix_1.20.0.zip |
macOS二进制文件(x86_64) | oncomix_1.20.0.tgz |
macOS二进制文件(arm64) | oncomix_1.20.0.tgz |
源库 | Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/oncomix |
源存储库(开发人员访问) | Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/oncomix |
生物包浏览器 | https://code.bioconductor.org/browse/oncomix/ |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/oncomix/ |
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