ngsReports

DOI:10.18129 / B9.bioc.ngsReports

负载FastqQC报告和其他门店相关文件

Bioconductor版本:版本(3.16)

这个包提供了解析方法和对象类FastQC从其他门店工具报告和输出汇总到r以及解析文件,实现了多种绘图方法视觉解析数据。块可以作为静态生成ggplot对象或交互式绘图对象。

作者:斯蒂芬•Pederson (aut (cre)克里斯托弗·沃德(aut), Thu-Hien (aut)

维修工:斯蒂芬Pederson < stephen.pederson。非盟在gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“ngsReports”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

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browseVignettes (“ngsReports”)

HTML	R脚本	介绍ngsReports
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	质量控制,ReportWriting,软件
版本	2.0.3
Bioconductor自	BioC 3.9 (r - 3.6)(3.5年)
许可证	文件许可证
取决于	R (> = 4.2.0),BiocGenerics,ggplot2(> = 3.4.0),拼接而成(> = 1.1.1),宠物猫(> = 1.3.1)
进口	Biostrings,使彻底失败,dplyr(> = 1.0.0),DT,forcats,ggdendrogrDevices(> = 3.6.0)、网格生命周期,lubridate、方法、老鸨,情节(> = 4.9.4),readr,reshape2,rlang,rmarkdown,尺度统计数据,stringr,tidyr,tidyselect(> = 0.2.3),跑龙套,动物园
链接
建议	BiocStyle,开罗,knitr,testthat,truncnorm
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/steveped/ngsReports
BugReports	https://github.com/steveped/ngsReports/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	ngsReports_2.0.3.tar.gz
Windows二进制	ngsReports_2.0.3.zip
macOS二进制(x86_64)	ngsReports_2.0.3.tgz
macOS二进制(arm64)	ngsReports_2.0.3.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ngsReports
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ ngsReports
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/ngsReports/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/ngsReports/
包下载报告	下载数据
老BioC 3.16源码包	源存档