netSmooth

DOI:10.18129 / B9.bioc.netSmooth

网络平滑scRNAseq

Bioconductor版本:版本(3.17)

netSmooth R包网络单一细胞RNA序列数据的平滑。利用蛋白质等生物网络交互作为基因co-expression先知先觉,netsmooth改善从嘈杂的细胞类型识别,稀疏scRNAseq数据。

作者:乔纳森Ronen (aut (cre) Altuna Akalin (aut)

维护人员:乔纳森Ronen < yablee gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“netSmooth”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

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HTML	R脚本	代的PPI图
HTML	R脚本	netSmooth例子
PDF		参考手册

细节

biocViews	聚类,DimensionReduction,GeneExpression,GraphAndNetwork,网络,归一化,预处理,RNASeq,测序,SingleCell,软件,转录组
版本	1.20.0
Bioconductor自	BioC 3.7 (r - 3.5)(5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 3.5),嘘(> = 1.15.11),clusterExperiment(> = 2.1.6)
进口	熵,SummarizedExperiment,SingleCellExperiment、矩阵,集群数据。表、统计方法,DelayedArray,HDF5Array(> = 1.15.13)
链接
建议	knitr、testthat Rtsne,biomaRtigraph,STRINGdb,敝中断pheatmap ggplot2,BiocStylermarkdown,BiocParallel,uwot
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/BIMSBbioinfo/netSmooth
BugReports	https://github.com/BIMSBbioinfo/netSmooth/issues
取决于我
进口我
建议我	netDx
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	netSmooth_1.20.0.tar.gz
Windows二进制	netSmooth_1.20.0.zip
macOS二进制(x86_64)
macOS二进制(arm64)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/netSmooth
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ netSmooth
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/netSmooth/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/netSmooth/
包下载报告	下载数据