nempi

DOI:10.18129 / B9.bioc.nempi

从基因表达数据推断未观察到的扰动

Bioconductor版本:发行版(3.16)

将不完全扰动剖面和对数概率的差异基因表达作为输入,并推断未观察到的扰动并增加已观察到的扰动。通过迭代地从扰动中推断出一个网络,并从网络中推断出扰动来完成推理。网络推理由嵌套效应模型完成。

作者:Martin Pirkl [aut, cre]

维护者:Martin Pirkl

引文(从R内,输入引用(“nempi”)):

安装

要安装这个包,启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“nempi”)

超文本标记语言 R脚本 nempi
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文本 新闻

细节

biocViews ATACSeqCRISPR分类DNASeqDifferentialExpressionDifferentialMethylationGeneExpressionGeneSignaling网络NetworkInferenceNeuralNetwork通路PooledScreensRNASeqSingleCell软件SystemsBiology
版本 1.6.0
在Bioconductor BioC 3.13 (R-4.1)(1.5年)
许可证 GPL-3
取决于 R (>= 4.1),mnem
进口 e1071nnetrandomForestnaturalsort,图形,统计,utils,matrixStatsepiNEM
链接
建议 knitrBiocGenericsrmarkdownRUnit
SystemRequirements
增强了
URL https://github.com/cbg-ethz/nempi/
BugReports https://github.com/cbg-ethz/nempi/issues
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包档案

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源包 nempi_1.6.0.tar.gz
Windows二进制 nempi_1.6.0.zip
macOS二进制文件(x86_64) nempi_1.6.0.tgz
macOS二进制文件(arm64) nempi_1.6.0.tgz
源库 Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/nempi
源存储库(开发人员访问) Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/nempi
生物包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/nempi/
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/nempi/
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