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nempi
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DOI:10.18129 / B9.bioc.nempi
从基因表达数据推断未观察到的扰动
Bioconductor版本:发行版(3.16)
将不完全扰动剖面和对数概率的差异基因表达作为输入，并推断未观察到的扰动并增加已观察到的扰动。通过迭代地从扰动中推断出一个网络，并从网络中推断出扰动来完成推理。网络推理由嵌套效应模型完成。
作者:Martin Pirkl [aut, cre]
维护者:Martin Pirkl
引文(从R内，输入引用(“nempi”))：
安装
要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:
如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")
对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．
文档
要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:
browseVignettes(“nempi”)
| 超文本标记语言 | R脚本 | nempi |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 |
细节
| biocViews | ATACSeq，CRISPR，分类，DNASeq，DifferentialExpression，DifferentialMethylation，GeneExpression，GeneSignaling，网络，NetworkInference，NeuralNetwork，通路，PooledScreens，RNASeq，SingleCell，软件，SystemsBiology |
| 版本 | 1.6.0 |
| 在Bioconductor | BioC 3.13 (R-4.1)(1.5年) |
| 许可证 | GPL-3 |
| 取决于 | R (>= 4.1)，mnem |
| 进口 | e1071，nnet，randomForest，naturalsort，图形，统计，utils，matrixStats，epiNEM |
| 链接 | |
| 建议 | knitr，BiocGenerics，rmarkdown，RUnit |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | https://github.com/cbg-ethz/nempi/ |
| BugReports | https://github.com/cbg-ethz/nempi/issues |
| 全靠我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
| 源包 | nempi_1.6.0.tar.gz |
| Windows二进制 | nempi_1.6.0.zip |
| macOS二进制文件(x86_64) | nempi_1.6.0.tgz |
| macOS二进制文件(arm64) | nempi_1.6.0.tgz |
| 源库 | Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/nempi |
| 源存储库(开发人员访问) | Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/nempi |
| 生物包浏览器 | https://code.bioconductor.org/browse/nempi/ |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/nempi/ |
| 软件包下载报告 | 下载数据 |
