- 首页
- Bioconductor 3.16
- 软件包
- nearBynding
nearBynding
 |
 |
 |
 |
 |
 |
 |
DOI:10.18129 / B9.bioc.nearBynding
辨别蛋白质结合附近的RNA结构
Bioconductor版本:发行版(3.16)
在用户定义的转录组区域内，提供一个管道来识别蛋白质结合位点附近的RNA结构。CLIP蛋白结合数据可以输入为对齐的BAM或称为峰的bedGraph文件。RNA结构可以从序列内部预测，或者用户可以选择输入自己的RNA结构数据。RNA结构结合剖面可以通过多种格式进行直观和定量比较。
作者:Veronica Busa [cre]
维护者:Veronica Busa
引文(从R内，输入引用(“nearBynding”))：
安装
要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:
如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("nearBynding")
对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．
文档
要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:
browseVignettes(“nearBynding”)
| R脚本 | nearBynding装饰图案 | |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 |
细节
| biocViews | 聚类，DataRepresentation，MotifDiscovery，MultipleComparison，软件，StructuralPrediction，可视化 |
| 版本 | 1.8.0 |
| 在Bioconductor | BioC 3.12 (R-4.0)(2年) |
| 许可证 | 艺术- 2.0 |
| 取决于 | R (>= 4.0) |
| 进口 | R.utils，matrixStats，plyranges，运输，Rsamtools，S4Vectors， grDevices，图形，rtracklayer，dplyr，GenomeInfoDb、方法、GenomicRanges， utils，统计，magrittr，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene，ggplot2，gplots，BiocGenerics，rlang |
| 链接 | |
| 建议 | knitr，rmarkdown |
| SystemRequirements | bedtools (> = 2.28.0), Stereogene (> = v2.22), CapR (> = 1.1.1) |
| 增强了 | |
| URL | |
| 全靠我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
| 源包 | nearBynding_1.8.0.tar.gz |
| Windows二进制 | nearBynding_1.8.0.zip |
| macOS二进制文件(x86_64) | nearBynding_1.8.0.tgz |
| macOS二进制文件(arm64) | nearBynding_1.8.0.tgz |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/nearBynding |
| 源存储库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:packages/nearBynding |
| 生物包浏览器 | https://code.bioconductor.org/browse/nearBynding/ |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/nearBynding/ |
| 软件包下载报告 | 下载数据 |
