mzR

DOI:10.18129 / B9.bioc.mzR

解析器用于netCDF, mzXML, mzData和mzML和mzIdentML文件(质谱数据)

Bioconductor版本:发行版(3.16)

mzR为质谱数据的通用文件格式和解析器提供了统一的API。它附带了一个用于mzXML、mzML和mzIdentML的proteowizard库的子集。netCDF读取代码以前在XCMS中使用过。

作者:Bernd Fischer, Steffen Neumann, Laurent Gatto, Qiang Kou, Johannes Rainer

维护者:Steffen Neumann

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“mzR”)

超文本标记语言	R脚本	获取原始质谱分析和鉴定数据
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DataImport，ImmunoOncology，基础设施，MassSpectrometry，代谢组学，蛋白质组学，软件
版本	2.32.0
在Bioconductor	BioC 2.9 (R-2.14)(11年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (>= 4.0.0)，Rcpp(>= 0.10.1)，方法，utils
进口	Biobase，BiocGenerics(> = 0.13.6),ProtGenerics(> = 1.17.3),ncdf4
链接	Rcpp，Rhdf5lib(> = 1.1.4)
建议	msdata(> = 0.15.1),RUnit，mzID，BiocStyle(> = 2.5.19),knitr，XML，rmarkdown
SystemRequirements	c++ 11, GNU制作
增强了
URL	https://github.com/sneumann/mzR/
BugReports	https://github.com/sneumann/mzR/issues/
全靠我	MSnbase
进口我	adductomicsR，CluMSID，DIAlignR，MSnID，msPurity，peakPantheR，RMassBank，SIMAT，TargetDecoy，topdownr，xcms，山药
建议我	AnnotationHub，MsBackendRawFileReader，msdata，MsExperiment，PSMatch，qcmetrics，RforProteomics，光谱
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	mzR_2.32.0.tar.gz
Windows二进制	mzR_2.32.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	mzR_2.32.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	mzR_2.32.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/mzR
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/mzR
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/mzR/
软件包下载报告	下载数据