mzR

DOI:10.18129 / B9.bioc.mzR

解析器用于netCDF, mzXML, mzData和mzML和mzIdentML文件(质谱数据)

Bioconductor版本:发行版(3.16)

mzR为质谱数据的通用文件格式和解析器提供了统一的API。它附带了一个用于mzXML、mzML和mzIdentML的proteowizard库的子集。netCDF读取代码以前在XCMS中使用过。

作者:Bernd Fischer, Steffen Neumann, Laurent Gatto, Qiang Kou, Johannes Rainer

维护者:Steffen Neumann

引文(从R内,输入引用(“mzR”)):

安装

要安装这个包,启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“mzR”)

超文本标记语言 R脚本 获取原始质谱分析和鉴定数据
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews DataImportImmunoOncology基础设施MassSpectrometry代谢组学蛋白质组学软件
版本 2.32.0
在Bioconductor BioC 2.9 (R-2.14)(11年)
许可证 艺术- 2.0
取决于 R (>= 4.0.0),Rcpp(>= 0.10.1),方法,utils
进口 BiobaseBiocGenerics(> = 0.13.6),ProtGenerics(> = 1.17.3),ncdf4
链接 RcppRhdf5lib(> = 1.1.4)
建议 msdata(> = 0.15.1),RUnitmzIDBiocStyle(> = 2.5.19),knitrXMLrmarkdown
SystemRequirements c++ 11, GNU制作
增强了
URL https://github.com/sneumann/mzR/
BugReports https://github.com/sneumann/mzR/issues/
全靠我 MSnbase
进口我 adductomicsRCluMSIDDIAlignRMSnIDmsPuritypeakPantheRRMassBankSIMATTargetDecoytopdownrxcms山药
建议我 AnnotationHubMsBackendRawFileReadermsdataMsExperimentPSMatchqcmetricsRforProteomics光谱
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 mzR_2.32.0.tar.gz
Windows二进制 mzR_2.32.0.zip
macOS二进制文件(x86_64) mzR_2.32.0.tgz
macOS二进制文件(arm64) mzR_2.32.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/mzR
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/mzR
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/mzR/
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