musicatk

DOI:10.18129 / B9.bioc.musicatk

突变特征综合分析工具包

Bioconductor版本:发行版(3.16)

突变特征是致癌暴露或异常细胞过程,可导致基因组的改变。我们创建了musicatk (MUtational SIgnature Comprehensive Analysis ToolKit),以解决其他现有计算工具在通用性和易用性方面的缺点。虽然已经生成了许多不同类型的突变数据,但目前的软件包没有一个灵活的框架来允许用户在突变特征推断过程中混合和匹配不同类型的突变。Musicatk允许用户统计和组合多种突变类型,包括SBS、DBS和indel。Musicatk计算复制链,转录链和这些特征的组合,以及与任何突变类型相关的独特和专有基因组特征的发现。Musicatk还实现了几种用于发现新签名的方法,以及在给定一组现有签名的情况下推断暴露的方法。Musicatk提供了可视化和下游探索性分析的功能,包括在cosmos V2或COSMIC V3中比较队列之间的签名和查找匹配签名的能力。

作者:Aaron Chevalier [cre] (0000-0002-3968-9250), Joshua D. Campbell [aut]

维护者:Aaron Chevalier

引文(从R内,输入引用(“musicatk”)):

安装

要安装这个包,启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

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文档

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browseVignettes(“musicatk”)

超文本标记语言 R脚本 突变特征综合分析工具包
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews BiologicalQuestion软件SomaticMutationVariantAnnotation
版本 1.8.0
在Bioconductor BioC 3.12 (R-4.0)(2年)
许可证 LGPL-3
取决于 R (>= 4.0.0),NMF
进口 SummarizedExperimentVariantAnnotationcowplotBiostrings,基础,方法,magrittr宠物猫tidyrgtoolsgridExtraMCMCprecision质量matrixTestsdata.tabledplyrrlangBSgenomeGenomeInfoDbGenomicFeaturesGenomicRangesIRangesS4Vectorsuwotggplot2stringrTxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGeneTxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGeneBSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm9BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm10deconstructSigsdecompTumor2Sigtopicmodelsggrepelwithr情节跑龙套,factoextra集群ComplexHeatmapphilentropyshinydashboard可分类的maftools闪亮的shinyjsshinyalertshinybusyshinyBSTCGAbiolinksshinyjquistringi
链接
建议 testthatBiocStyleknitrrmarkdown生存XVectorqpdfcovr
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports https://github.com/campbio/musicatk/issues
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包档案

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源包 musicatk_1.8.0.tar.gz
Windows二进制 musicatk_1.8.0.zip(64位)
macOS二进制文件(x86_64) musicatk_1.8.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)
源库 Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/musicatk
源存储库(开发人员访问) Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/musicatk
生物包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/musicatk/
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/musicatk/
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