musicatk

DOI:10.18129 / B9.bioc.musicatk

突变特征综合分析工具包

Bioconductor版本:发行版(3.16)

突变特征是致癌暴露或异常细胞过程，可导致基因组的改变。我们创建了musicatk (MUtational SIgnature Comprehensive Analysis ToolKit)，以解决其他现有计算工具在通用性和易用性方面的缺点。虽然已经生成了许多不同类型的突变数据，但目前的软件包没有一个灵活的框架来允许用户在突变特征推断过程中混合和匹配不同类型的突变。Musicatk允许用户统计和组合多种突变类型，包括SBS、DBS和indel。Musicatk计算复制链，转录链和这些特征的组合，以及与任何突变类型相关的独特和专有基因组特征的发现。Musicatk还实现了几种用于发现新签名的方法，以及在给定一组现有签名的情况下推断暴露的方法。Musicatk提供了可视化和下游探索性分析的功能，包括在cosmos V2或COSMIC V3中比较队列之间的签名和查找匹配签名的能力。

作者:Aaron Chevalier [cre] (0000-0002-3968-9250)， Joshua D. Campbell [aut]

维护者:Aaron Chevalier

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

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文档

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browseVignettes(“musicatk”)

超文本标记语言	R脚本	突变特征综合分析工具包
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	BiologicalQuestion，软件，SomaticMutation，VariantAnnotation
版本	1.8.0
在Bioconductor	BioC 3.12 (R-4.0)(2年)
许可证	LGPL-3
取决于	R (>= 4.0.0)，NMF
进口	SummarizedExperiment，VariantAnnotation，cowplot，Biostrings，基础，方法，magrittr，宠物猫，tidyr，gtools，gridExtra，MCMCprecision，质量，matrixTests，data.table，dplyr，rlang，BSgenome，GenomeInfoDb，GenomicFeatures，GenomicRanges，IRanges，S4Vectors，uwot，ggplot2，stringr，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene，BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19，BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38，BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm9，BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm10，deconstructSigs，decompTumor2Sig，topicmodels，ggrepel，withr，情节跑龙套,factoextra，集群，ComplexHeatmap，philentropy，shinydashboard，可分类的，maftools，闪亮的，shinyjs，shinyalert，shinybusy，shinyBS，TCGAbiolinks，shinyjqui，stringi
链接
建议	testthat，BiocStyle，knitr，rmarkdown，生存，XVector，qpdf，covr
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports	https://github.com/campbio/musicatk/issues
全靠我
进口我
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	musicatk_1.8.0.tar.gz
Windows二进制	musicatk_1.8.0.zip(64位)
macOS二进制文件(x86_64)	musicatk_1.8.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/musicatk
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/musicatk
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/musicatk/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/musicatk/
软件包下载报告	下载数据